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93
.github/workflows/main.yml
vendored
93
.github/workflows/main.yml
vendored
|
@ -15,51 +15,52 @@ jobs:
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|||
name: Run ${{ matrix.profile }} profile
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||||
needs: test_all_profiles
|
||||
strategy:
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||||
matrix:
|
||||
profile:
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||||
- 'abims'
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||||
- 'aws_tower'
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||||
- 'awsbatch'
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||||
- 'bi'
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||||
- 'bigpurple'
|
||||
- 'binac'
|
||||
- 'biohpc_gen'
|
||||
- 'cambridge'
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||||
- 'cbe'
|
||||
- 'ccga_dx'
|
||||
- 'ccga_med'
|
||||
- 'cfc'
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||||
- 'cfc_dev'
|
||||
- 'crick'
|
||||
- 'denbi_qbic'
|
||||
- 'ebc'
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||||
- 'eddie'
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||||
- 'eva'
|
||||
- 'genotoul'
|
||||
- 'genouest'
|
||||
- 'gis'
|
||||
- 'google'
|
||||
- 'hebbe'
|
||||
- 'icr_davros'
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||||
- 'ifb_core'
|
||||
- 'imperial'
|
||||
- 'imperial_mb'
|
||||
- 'jax'
|
||||
- 'lugh'
|
||||
- 'mpcdf'
|
||||
- 'munin'
|
||||
- 'nu_genomics'
|
||||
- 'oist'
|
||||
- 'pasteur'
|
||||
- 'phoenix'
|
||||
- 'prince'
|
||||
- 'sanger'
|
||||
- 'seg_globe'
|
||||
- 'uct_hpc'
|
||||
- 'uppmax'
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||||
- 'utd_ganymede'
|
||||
- 'utd_sysbio'
|
||||
- 'uzh'
|
||||
matrix:
|
||||
profile:
|
||||
- "abims"
|
||||
- "aws_tower"
|
||||
- "awsbatch"
|
||||
- "bi"
|
||||
- "bigpurple"
|
||||
- "binac"
|
||||
- "biohpc_gen"
|
||||
- "cambridge"
|
||||
- "cbe"
|
||||
- "ccga_dx"
|
||||
- "ccga_med"
|
||||
- "cfc"
|
||||
- "cfc_dev"
|
||||
- "crick"
|
||||
- "denbi_qbic"
|
||||
- "ebc"
|
||||
- "eddie"
|
||||
- "eva"
|
||||
- "genotoul"
|
||||
- "genouest"
|
||||
- "gis"
|
||||
- "google"
|
||||
- "hasta"
|
||||
- "hebbe"
|
||||
- "icr_davros"
|
||||
- "ifb_core"
|
||||
- "imperial"
|
||||
- "imperial_mb"
|
||||
- "jax"
|
||||
- "lugh"
|
||||
- "mpcdf"
|
||||
- "munin"
|
||||
- "nu_genomics"
|
||||
- "oist"
|
||||
- "pasteur"
|
||||
- "phoenix"
|
||||
- "prince"
|
||||
- "sanger"
|
||||
- "seg_globe"
|
||||
- "uct_hpc"
|
||||
- "uppmax"
|
||||
- "utd_ganymede"
|
||||
- "utd_sysbio"
|
||||
- "uzh"
|
||||
steps:
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||||
- uses: actions/checkout@v1
|
||||
- name: Install Nextflow
|
||||
|
@ -68,6 +69,6 @@ jobs:
|
|||
sudo mv nextflow /usr/local/bin/
|
||||
- name: Check ${{ matrix.profile }} profile
|
||||
env:
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||||
SCRATCH: '~'
|
||||
SCRATCH: "~"
|
||||
NXF_GLOBAL_CONFIG: awsbatch.config
|
||||
run: nextflow run ${GITHUB_WORKSPACE}/configtest.nf --custom_config_base=${GITHUB_WORKSPACE} -profile ${{ matrix.profile }}
|
||||
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