process {

    publishDir = { "${params.outdir}/${task.process.tokenize(':')[-1].tokenize('_')[0].toLowerCase()}" }
    withName: GATK4_VARIANTRECALIBRATOR {
        ext.args = '--mode SNP -an QD -an MQ -an FS -an SOR'
    }

    withName: GATK4_VARIANTRECALIBRATOR_WITH_ALLELESPECIFICTY {
        ext.args = '--mode SNP -an QD -an MQ -an FS -AS'
    }
}
