2022-01-27 14:36:18 +00:00
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#!/usr/bin/env nextflow
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nextflow.enable.dsl = 2
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2022-05-03 08:42:56 +00:00
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|
include { BUSCO } from '../../../modules/busco/main.nf'
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2022-01-27 14:36:18 +00:00
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|
// This tests genome decompression, empty input channels and data download
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2022-05-04 09:22:43 +00:00
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|
workflow test_busco_genome_single_fasta {
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|
|
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|
|
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|
|
|
input = [
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|
|
|
|
[ id:'test', single_end:false ], // meta map
|
|
|
|
|
file( params.test_data['bacteroides_fragilis']['genome']['genome_fna_gz'], checkIfExists: true)
|
|
|
|
|
]
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|
|
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|
|
BUSCO (
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|
input,
|
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|
['bacteria_odb10', 'bacteroidetes_odb10'],
|
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[], // Download busco lineage
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|
[], // No config
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|
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|
|
)
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|
|
|
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/* Output tree:
|
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|
/tmp/tmpimsfk4sj/busco/
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|
|
|
|
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmp1sz7013h/b7/fdeaab567e1c5bccc475a4c19b8582/test-bacteria_odb10-busco/
|
|
|
|
|
│ ├── batch_summary.txt
|
|
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|
|
│ ├── genome.fna/
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|
│ │ ├── logs/
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|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── prodigal_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
|
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|
│ │ ├── prodigal_output/
|
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|
|
|
│ │ │ └── predicted_genes/
|
|
|
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|
│ │ ├── run_bacteria_odb10/
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|
│ │ │ ├── busco_sequences/
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|
│ │ │ ├── full_table.tsv
|
|
|
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|
│ │ │ ├── hmmer_output/
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|
|
|
|
│ │ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── short_summary.json
|
|
|
|
|
│ │ │ └── short_summary.txt
|
|
|
|
|
│ │ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
|
|
|
|
│ │ └── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
|
|
|
|
│ └── logs/
|
|
|
|
|
│ └── busco.log
|
|
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|
|
├── test-bacteroidetes_odb10-busco -> /tmp/tmp1sz7013h/75/0da56f59ee44bd2b85e0172906de49/test-bacteroidetes_odb10-busco/
|
|
|
|
|
│ ├── batch_summary.txt
|
|
|
|
|
│ ├── genome.fna/
|
|
|
|
|
│ │ ├── logs/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── prodigal_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
|
|
|
|
│ │ ├── prodigal_output/
|
|
|
|
|
│ │ │ └── predicted_genes/
|
|
|
|
|
│ │ ├── run_bacteroidetes_odb10/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── busco_sequences/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── full_table.tsv
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmer_output/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── short_summary.json
|
|
|
|
|
│ │ │ └── short_summary.txt
|
|
|
|
|
│ │ ├── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json
|
|
|
|
|
│ │ └── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt
|
|
|
|
|
│ └── logs/
|
|
|
|
|
│ └── busco.log
|
|
|
|
|
└── versions.yml -> /tmp/tmp1sz7013h/b7/fdeaab567e1c5bccc475a4c19b8582/versions.yml
|
|
|
|
|
*/
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
}
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
workflow test_busco_genome_multi_fasta {
|
2022-05-03 08:42:56 +00:00
|
|
|
|
|
|
|
|
input = [
|
|
|
|
|
[ id:'test', single_end:false ], // meta map
|
2022-05-03 13:26:49 +00:00
|
|
|
[
|
|
|
|
|
file( params.test_data['bacteroides_fragilis']['genome']['genome_fna_gz'], checkIfExists: true),
|
|
|
|
|
file( params.test_data['candidatus_portiera_aleyrodidarum']['genome']['genome_fasta'], checkIfExists: true)
|
|
|
|
|
]
|
2022-05-03 08:42:56 +00:00
|
|
|
]
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
BUSCO (
|
|
|
|
|
input,
|
|
|
|
|
'bacteria_odb10',
|
|
|
|
|
[], // Download busco lineage
|
|
|
|
|
[], // No config
|
|
|
|
|
)
|
|
|
|
|
|
2022-05-04 09:22:43 +00:00
|
|
|
/* Output tree:
|
|
|
|
|
/tmp/tmpt22rjxzq/busco/
|
|
|
|
|
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmpfxt64xr_/36/425acbe5e9b27ba0bac8861f735494/test-bacteria_odb10-busco/
|
|
|
|
|
│ ├── batch_summary.txt
|
|
|
|
|
│ ├── genome.fasta/
|
|
|
|
|
│ │ ├── logs/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── prodigal_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
|
|
|
|
│ │ ├── prodigal_output/
|
|
|
|
|
│ │ │ └── predicted_genes/
|
|
|
|
|
│ │ ├── run_bacteria_odb10/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── busco_sequences/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── full_table.tsv
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmer_output/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── short_summary.json
|
|
|
|
|
│ │ │ └── short_summary.txt
|
|
|
|
|
│ │ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.json
|
|
|
|
|
│ │ └── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.txt
|
|
|
|
|
│ ├── genome.fna/
|
|
|
|
|
│ │ ├── logs/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── prodigal_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
|
|
|
|
│ │ ├── prodigal_output/
|
|
|
|
|
│ │ │ └── predicted_genes/
|
|
|
|
|
│ │ ├── run_bacteria_odb10/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── busco_sequences/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── full_table.tsv
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmer_output/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── short_summary.json
|
|
|
|
|
│ │ │ └── short_summary.txt
|
|
|
|
|
│ │ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
|
|
|
|
│ │ └── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
|
|
|
|
│ └── logs/
|
|
|
|
|
│ └── busco.log
|
|
|
|
|
└── versions.yml -> /tmp/tmpfxt64xr_/36/425acbe5e9b27ba0bac8861f735494/versions.yml
|
|
|
|
|
*/
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
}
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
workflow test_busco_eukaryote_metaeuk {
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
input = [
|
|
|
|
|
[ id:'test', single_end:false ], // meta map
|
|
|
|
|
file( params.test_data['homo_sapiens']['genome']['genome_fasta'], checkIfExists: true)
|
|
|
|
|
]
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
BUSCO (
|
|
|
|
|
input,
|
|
|
|
|
'eukaryota_odb10',
|
|
|
|
|
[], // Download busco lineage
|
|
|
|
|
[], // No config
|
|
|
|
|
)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
/* Output tree:
|
|
|
|
|
/tmp/tmp22sf7kg9/busco/
|
|
|
|
|
├── test-eukaryota_odb10-busco -> /tmp/tmpmic8qsk6/d5/d8cb6681c0fcaa6da34b57ec174d59/test-eukaryota_odb10-busco/
|
|
|
|
|
│ ├── batch_summary.txt
|
|
|
|
|
│ ├── genome.fasta/
|
|
|
|
|
│ │ ├── logs/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── metaeuk_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ └── metaeuk_out.log
|
|
|
|
|
│ │ ├── run_eukaryota_odb10/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── busco_sequences/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── full_table.tsv
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── hmmer_output/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── metaeuk_output/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── short_summary.json
|
|
|
|
|
│ │ │ └── short_summary.txt
|
|
|
|
|
│ │ ├── short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.json
|
|
|
|
|
│ │ └── short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.txt
|
|
|
|
|
│ └── logs/
|
|
|
|
|
│ └── busco.log
|
|
|
|
|
└── versions.yml -> /tmp/tmpmic8qsk6/d5/d8cb6681c0fcaa6da34b57ec174d59/versions.yml
|
|
|
|
|
*/
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
}
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
workflow test_busco_eukaryote_augustus {
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
input = [
|
|
|
|
|
[ id:'test', single_end:false ], // meta map
|
|
|
|
|
file( params.test_data['homo_sapiens']['genome']['genome_fasta'], checkIfExists: true)
|
|
|
|
|
]
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
BUSCO (
|
|
|
|
|
input,
|
|
|
|
|
'eukaryota_odb10',
|
|
|
|
|
[], // Download busco lineage
|
|
|
|
|
[], // No config
|
|
|
|
|
)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
/* Output tree:
|
|
|
|
|
/tmp/tmpo77wyvb9/busco/
|
|
|
|
|
├── test-eukaryota_odb10-busco -> /tmp/tmpshljnwcg/25/9891a19cbabda15a5c10fb5e34987f/test-eukaryota_odb10-busco/
|
|
|
|
|
│ ├── batch_summary.txt
|
|
|
|
|
│ ├── genome.fasta/
|
|
|
|
|
│ │ ├── blast_db/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── genome.fasta.ndb
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── genome.fasta.nhr
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── genome.fasta.nin
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── genome.fasta.not
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── genome.fasta.nsq
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── genome.fasta.ntf
|
|
|
|
|
│ │ │ └── genome.fasta.nto
|
|
|
|
|
│ │ ├── logs/
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── makeblastdb_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── makeblastdb_out.log
|
|
|
|
|
│ │ │ ├── tblastn_err.log
|
|
|
|
|
│ │ │ └── tblastn_out.log
|
|
|
|
|
│ │ └── run_eukaryota_odb10/
|
|
|
|
|
│ │ ├── augustus_output/
|
|
|
|
|
│ │ ├── blast_output/
|
|
|
|
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
|
|
|
|
│ │ └── hmmer_output/
|
|
|
|
|
│ └── logs/
|
|
|
|
|
│ └── busco.log
|
|
|
|
|
└── versions.yml -> /tmp/tmpshljnwcg/25/9891a19cbabda15a5c10fb5e34987f/versions.yml
|
|
|
|
|
*/
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
}
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
workflow test_busco_protein {
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
input = [
|
|
|
|
|
[ id:'test', single_end:false ], // meta map
|
|
|
|
|
file( params.test_data['candidatus_portiera_aleyrodidarum']['genome']['proteome_fasta'], checkIfExists: true)
|
|
|
|
|
]
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
BUSCO (
|
|
|
|
|
input,
|
|
|
|
|
'bacteria_odb10',
|
|
|
|
|
[], // Download busco lineage
|
|
|
|
|
[], // No config
|
|
|
|
|
)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
/* Output tree:
|
|
|
|
|
/tmp/tmplju98s42/busco/
|
|
|
|
|
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmp0oru9_61/9c/e992f5eee84806770002e4510f51cb/test-bacteria_odb10-busco/
|
|
|
|
|
│ ├── batch_summary.txt
|
|
|
|
|
│ ├── logs/
|
|
|
|
|
│ │ └── busco.log
|
|
|
|
|
│ └── proteome.fasta/
|
|
|
|
|
│ ├── logs/
|
|
|
|
|
│ │ ├── hmmsearch_err.log
|
|
|
|
|
│ │ └── hmmsearch_out.log
|
|
|
|
|
│ ├── run_bacteria_odb10/
|
|
|
|
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
|
|
|
|
│ │ ├── full_table.tsv
|
|
|
|
|
│ │ ├── hmmer_output/
|
|
|
|
|
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
|
|
|
|
│ │ ├── short_summary.json
|
|
|
|
|
│ │ └── short_summary.txt
|
|
|
|
|
│ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.json
|
|
|
|
|
│ └── short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.txt
|
|
|
|
|
└── versions.yml -> /tmp/tmp0oru9_61/9c/e992f5eee84806770002e4510f51cb/versions.yml
|
|
|
|
|
*/
|
|
|
|
|
}
|
|
|
|
|
workflow test_busco_transcriptome {
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
input = [
|
|
|
|
|
[ id:'test', single_end:false ], // meta map
|
|
|
|
|
file( params.test_data['bacteroides_fragilis']['illumina']['test1_contigs_fa_gz'], checkIfExists: true)
|
|
|
|
|
]
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
BUSCO (
|
|
|
|
|
input,
|
|
|
|
|
'bacteria_odb10',
|
|
|
|
|
[], // Download busco lineage
|
|
|
|
|
[], // No config
|
|
|
|
|
)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
/* Output tree:
|
|
|
|
|
/tmp/tmp5twpr8o9/busco/
|
|
|
|
|
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmp_qyjiads/0d/886515d0f06686b2227517398ef8ce/test-bacteria_odb10-busco/
|
|
|
|
|
│ ├── batch_summary.txt
|
|
|
|
|
│ ├── logs/
|
|
|
|
|
│ │ └── busco.log
|
|
|
|
|
│ └── test1.contigs.fa/
|
|
|
|
|
│ ├── blast_db/
|
|
|
|
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.ndb
|
|
|
|
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.nhr
|
|
|
|
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.nin
|
|
|
|
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.not
|
|
|
|
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.nsq
|
|
|
|
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.ntf
|
|
|
|
|
│ │ └── test1.contigs.fa.nto
|
|
|
|
|
│ ├── logs/
|
|
|
|
|
│ │ ├── hmmsearch_err.log
|
|
|
|
|
│ │ ├── hmmsearch_out.log
|
|
|
|
|
│ │ ├── makeblastdb_err.log
|
|
|
|
|
│ │ ├── makeblastdb_out.log
|
|
|
|
|
│ │ ├── tblastn_err.log
|
|
|
|
|
│ │ └── tblastn_out.log
|
|
|
|
|
│ ├── run_bacteria_odb10/
|
|
|
|
|
│ │ ├── blast_output/
|
|
|
|
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
|
|
|
|
│ │ ├── full_table.tsv
|
|
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│ │ ├── hmmer_output/
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│ │ ├── missing_busco_list.tsv
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│ │ ├── short_summary.json
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│ │ ├── short_summary.txt
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│ │ └── single_copy_proteins.faa
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│ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.json
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│ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.txt
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│ └── translated_proteins/
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│ ├── 1024388at2.faa
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│ ├── 1054741at2.faa
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│ ├── 1093223at2.faa
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│ ├── 1151822at2.faa
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│ ├── 143460at2.faa
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│ ├── 1491686at2.faa
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│ ├── 1504821at2.faa
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│ ├── 1574817at2.faa
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│ ├── 1592033at2.faa
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│ ├── 1623045at2.faa
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│ ├── 1661836at2.faa
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│ ├── 1674344at2.faa
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│ ├── 1698718at2.faa
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│ ├── 1990650at2.faa
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│ ├── 223233at2.faa
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│ ├── 402899at2.faa
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│ ├── 505485at2.faa
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│ ├── 665824at2.faa
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│ ├── 776861at2.faa
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│ ├── 874197at2.faa
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│ ├── 932854at2.faa
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│ └── 95696at2.faa
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└── versions.yml -> /tmp/tmp_qyjiads/0d/886515d0f06686b2227517398ef8ce/versions.yml
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*/
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2022-01-27 14:36:18 +00:00
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}
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