mirror of
https://github.com/MillironX/nf-core_modules.git
synced 2024-12-22 19:18:17 +00:00
Merge pull request #64 from drpatelh/master
Add tests and docs for picard tools
This commit is contained in:
Harshil Patel
GitHub
commit
47b6dd70e4
31 changed files with 1164 additions and 80 deletions
35
.github/workflows/deprecated/cutadapt.yml
vendored
35
.github/workflows/deprecated/cutadapt.yml
vendored
|
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@ -1,35 +0,0 @@
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||||||
name: cutadapt
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on:
|
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||||||
push:
|
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paths:
|
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- software/cutadapt/**
|
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- .github/workflows/cutadapt.yml
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||||||
- tests
|
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||||||
pull_request:
|
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paths:
|
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||||||
- software/cutadapt/**
|
|
||||||
- .github/workflows/cutadapt.yml
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||||||
- tests
|
|
||||||
|
|
||||||
jobs:
|
|
||||||
run_ci_test:
|
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||||||
runs-on: ubuntu-latest
|
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||||||
env:
|
|
||||||
NXF_ANSI_LOG: false
|
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steps:
|
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- uses: actions/checkout@v2
|
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||||||
- name: Install Nextflow
|
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||||||
run: |
|
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||||||
wget -qO- get.nextflow.io | bash
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||||||
sudo mv nextflow /usr/local/bin/
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||||||
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||||||
- name: Test module with paired-end data
|
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||||||
run: |
|
|
||||||
cd software/cutadapt/test/
|
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||||||
nextflow run .
|
|
||||||
|
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||||||
- name: Test module with single-end data
|
|
||||||
run: |
|
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||||||
cd software/cutadapt/test/
|
|
||||||
nextflow run . --single_end
|
|
||||||
31
.github/workflows/deprecated/tcoffee.yml
vendored
31
.github/workflows/deprecated/tcoffee.yml
vendored
|
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@ -1,31 +0,0 @@
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||||||
name: tcoffee
|
|
||||||
on:
|
|
||||||
push:
|
|
||||||
paths:
|
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||||||
- software/tcoffee/**
|
|
||||||
- .github/workflows/tcoffee.yml
|
|
||||||
- tests
|
|
||||||
pull_request:
|
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||||||
paths:
|
|
||||||
- software/tcoffee/**
|
|
||||||
- .github/workflows/tcoffee.yml
|
|
||||||
- tests
|
|
||||||
|
|
||||||
jobs:
|
|
||||||
run_ci_test:
|
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||||||
runs-on: ubuntu-latest
|
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||||||
env:
|
|
||||||
NXF_ANSI_LOG: false
|
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||||||
steps:
|
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||||||
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||||||
- uses: actions/checkout@v2
|
|
||||||
|
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||||||
- name: Install Nextflow
|
|
||||||
run: |
|
|
||||||
wget -qO- get.nextflow.io | bash
|
|
||||||
sudo mv nextflow /usr/local/bin/
|
|
||||||
|
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||||||
# Test the module
|
|
||||||
- run: |
|
|
||||||
cd software/tcoffee/test/
|
|
||||||
nextflow run .
|
|
||||||
30
.github/workflows/picard_collectmultiplemetrics.yml
vendored
Normal file
30
.github/workflows/picard_collectmultiplemetrics.yml
vendored
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,30 @@
|
||||||
|
name: picard_collectmultiplemetrics.yml
|
||||||
|
on:
|
||||||
|
push:
|
||||||
|
paths:
|
||||||
|
- software/picard/collectmultiplemetrics/**
|
||||||
|
- .github/workflows/picard_collectmultiplemetrics.yml
|
||||||
|
- tests
|
||||||
|
pull_request:
|
||||||
|
paths:
|
||||||
|
- software/picard/collectmultiplemetrics/**
|
||||||
|
- .github/workflows/picard_collectmultiplemetrics.yml
|
||||||
|
- tests
|
||||||
|
|
||||||
|
jobs:
|
||||||
|
ci_test:
|
||||||
|
runs-on: ubuntu-latest
|
||||||
|
env:
|
||||||
|
NXF_ANSI_LOG: false
|
||||||
|
steps:
|
||||||
|
|
||||||
|
- uses: actions/checkout@v2
|
||||||
|
|
||||||
|
- name: Install Nextflow
|
||||||
|
run: |
|
||||||
|
export NXF_VER="20.07.1"
|
||||||
|
wget -qO- get.nextflow.io | bash
|
||||||
|
sudo mv nextflow /usr/local/bin/
|
||||||
|
|
||||||
|
# Test the module
|
||||||
|
- run: nextflow run ./software/picard/collectmultiplemetrics/test/ -profile docker
|
||||||
|
|
@ -1,18 +1,18 @@
|
||||||
name: samtools sort
|
name: picard_markduplicates
|
||||||
on:
|
on:
|
||||||
push:
|
push:
|
||||||
paths:
|
paths:
|
||||||
- software/samtools/sort**
|
- software/picard/markduplicates/**
|
||||||
- .github/workflows/samtools_sort.yml
|
- .github/workflows/picard_markduplicates.yml
|
||||||
- tests
|
- tests
|
||||||
pull_request:
|
pull_request:
|
||||||
paths:
|
paths:
|
||||||
- software/samtools/sort**
|
- software/picard/markduplicates/**
|
||||||
- .github/workflows/samtools_sort.yml
|
- .github/workflows/picard_markduplicates.yml
|
||||||
- tests
|
- tests
|
||||||
|
|
||||||
jobs:
|
jobs:
|
||||||
run_ci_test:
|
ci_test:
|
||||||
runs-on: ubuntu-latest
|
runs-on: ubuntu-latest
|
||||||
env:
|
env:
|
||||||
NXF_ANSI_LOG: false
|
NXF_ANSI_LOG: false
|
||||||
|
|
@ -22,8 +22,9 @@ jobs:
|
||||||
|
|
||||||
- name: Install Nextflow
|
- name: Install Nextflow
|
||||||
run: |
|
run: |
|
||||||
|
export NXF_VER="20.07.1"
|
||||||
wget -qO- get.nextflow.io | bash
|
wget -qO- get.nextflow.io | bash
|
||||||
sudo mv nextflow /usr/local/bin/
|
sudo mv nextflow /usr/local/bin/
|
||||||
|
|
||||||
# Test the module
|
# Test the module
|
||||||
- run: nextflow run ./software/samtools/sort/test/
|
- run: nextflow run ./software/picard/markduplicates/test/ -profile docker
|
||||||
|
|
@ -1,18 +1,18 @@
|
||||||
name: samtools index
|
name: picard_mergesamfiles
|
||||||
on:
|
on:
|
||||||
push:
|
push:
|
||||||
paths:
|
paths:
|
||||||
- software/samtools/index/**
|
- software/picard/mergesamfiles/**
|
||||||
- .github/workflows/samtools_index.yml
|
- .github/workflows/picard_mergesamfiles.yml
|
||||||
- tests
|
- tests
|
||||||
pull_request:
|
pull_request:
|
||||||
paths:
|
paths:
|
||||||
- software/samtools/index/**
|
- software/picard/mergesamfiles/**
|
||||||
- .github/workflows/samtools_index.yml
|
- .github/workflows/picard_mergesamfiles.yml
|
||||||
- tests
|
- tests
|
||||||
|
|
||||||
jobs:
|
jobs:
|
||||||
run_ci_test:
|
ci_test:
|
||||||
runs-on: ubuntu-latest
|
runs-on: ubuntu-latest
|
||||||
env:
|
env:
|
||||||
NXF_ANSI_LOG: false
|
NXF_ANSI_LOG: false
|
||||||
|
|
@ -22,8 +22,9 @@ jobs:
|
||||||
|
|
||||||
- name: Install Nextflow
|
- name: Install Nextflow
|
||||||
run: |
|
run: |
|
||||||
|
export NXF_VER="20.07.1"
|
||||||
wget -qO- get.nextflow.io | bash
|
wget -qO- get.nextflow.io | bash
|
||||||
sudo mv nextflow /usr/local/bin/
|
sudo mv nextflow /usr/local/bin/
|
||||||
|
|
||||||
# Test the module
|
# Test the module
|
||||||
- run: nextflow run ./software/samtools/index/test/
|
- run: nextflow run ./software/picard/mergesamfiles/test/ -profile docker
|
||||||
70
software/picard/collectmultiplemetrics/meta.yml
Normal file
70
software/picard/collectmultiplemetrics/meta.yml
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,70 @@
|
||||||
|
name: picard_collectmultiplemetrics
|
||||||
|
description: Collect multiple metrics from a BAM file
|
||||||
|
keywords:
|
||||||
|
- alignment
|
||||||
|
- metrics
|
||||||
|
- statistics
|
||||||
|
- insert
|
||||||
|
- quality
|
||||||
|
- bam
|
||||||
|
tools:
|
||||||
|
- picard:
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
A set of command line tools (in Java) for manipulating high-throughput sequencing (HTS)
|
||||||
|
data and formats such as SAM/BAM/CRAM and VCF.
|
||||||
|
homepage: https://broadinstitute.github.io/picard/
|
||||||
|
documentation: https://broadinstitute.github.io/picard/
|
||||||
|
params:
|
||||||
|
- outdir:
|
||||||
|
type: string
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
The pipeline's output directory. By default, the module will
|
||||||
|
output files into `$params.outdir/<SOFTWARE>`
|
||||||
|
- publish_dir_mode:
|
||||||
|
type: string
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Value for the Nextflow `publishDir` mode parameter.
|
||||||
|
Available: symlink, rellink, link, copy, copyNoFollow, move.
|
||||||
|
- conda:
|
||||||
|
type: boolean
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Run the module with Conda using the software specified
|
||||||
|
via the `conda` directive
|
||||||
|
input:
|
||||||
|
- meta:
|
||||||
|
type: map
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Groovy Map containing sample information
|
||||||
|
e.g. [ id:'test', single_end:false ]
|
||||||
|
- bam:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: BAM file
|
||||||
|
pattern: "*.{bam}"
|
||||||
|
- fasta:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: Genome fasta file
|
||||||
|
- options:
|
||||||
|
type: map
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Groovy Map containing module options for passing command-line arguments and
|
||||||
|
output file paths.
|
||||||
|
output:
|
||||||
|
- meta:
|
||||||
|
type: map
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Groovy Map containing sample information
|
||||||
|
e.g. [ id:'test', single_end:false ]
|
||||||
|
- metrics:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: Alignment metrics files generated by picard
|
||||||
|
pattern: "*_{metrics}"
|
||||||
|
- pdf:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: PDF plots of metrics
|
||||||
|
pattern: "*.{pdf}"
|
||||||
|
- version:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: File containing software version
|
||||||
|
pattern: "*.{version.txt}"
|
||||||
|
authors:
|
||||||
|
- "@drpatelh"
|
||||||
1
software/picard/collectmultiplemetrics/test/input/NC_010473.fa
Symbolic link
1
software/picard/collectmultiplemetrics/test/input/NC_010473.fa
Symbolic link
|
|
@ -0,0 +1 @@
|
||||||
|
../../../../../tests/data/fasta/E_coli/NC_010473.fa
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1 @@
|
||||||
|
../../../../../tests/data/bam/test.paired_end.sorted.bam
|
||||||
22
software/picard/collectmultiplemetrics/test/main.nf
Executable file
22
software/picard/collectmultiplemetrics/test/main.nf
Executable file
|
|
@ -0,0 +1,22 @@
|
||||||
|
#!/usr/bin/env nextflow
|
||||||
|
|
||||||
|
nextflow.enable.dsl = 2
|
||||||
|
|
||||||
|
include { PICARD_COLLECTMULTIPLEMETRICS } from '../main.nf'
|
||||||
|
|
||||||
|
workflow test {
|
||||||
|
|
||||||
|
def input = []
|
||||||
|
input = [ [ id:'test', single_end:false ], // meta map
|
||||||
|
file("${baseDir}/input/test.paired_end.sorted.bam", checkIfExists: true) ]
|
||||||
|
|
||||||
|
PICARD_COLLECTMULTIPLEMETRICS (
|
||||||
|
input,
|
||||||
|
file("${baseDir}/input/NC_010473.fa", checkIfExists: true),
|
||||||
|
[:]
|
||||||
|
)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
workflow {
|
||||||
|
test()
|
||||||
|
}
|
||||||
20
software/picard/collectmultiplemetrics/test/nextflow.config
Normal file
20
software/picard/collectmultiplemetrics/test/nextflow.config
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,20 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
params {
|
||||||
|
outdir = "output/"
|
||||||
|
publish_dir_mode = "copy"
|
||||||
|
conda = false
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
profiles {
|
||||||
|
conda {
|
||||||
|
params.conda = true
|
||||||
|
}
|
||||||
|
docker {
|
||||||
|
docker.enabled = true
|
||||||
|
docker.runOptions = '-u \$(id -u):\$(id -g)'
|
||||||
|
}
|
||||||
|
singularity {
|
||||||
|
singularity.enabled = true
|
||||||
|
singularity.autoMounts = true
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,12 @@
|
||||||
|
## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
|
||||||
|
# CollectMultipleMetrics INPUT=test.paired_end.sorted.bam OUTPUT=test.CollectMultipleMetrics REFERENCE_SEQUENCE=NC_010473.fa ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] PROGRAM=[CollectAlignmentSummaryMetrics, CollectBaseDistributionByCycle, CollectInsertSizeMetrics, MeanQualityByCycle, QualityScoreDistribution] INCLUDE_UNPAIRED=false VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false
|
||||||
|
## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
|
||||||
|
# Started on: Fri Aug 07 15:24:11 GMT 2020
|
||||||
|
|
||||||
|
## METRICS CLASS picard.analysis.AlignmentSummaryMetrics
|
||||||
|
CATEGORY TOTAL_READS PF_READS PCT_PF_READS PF_NOISE_READS PF_READS_ALIGNED PCT_PF_READS_ALIGNED PF_ALIGNED_BASES PF_HQ_ALIGNED_READS PF_HQ_ALIGNED_BASES PF_HQ_ALIGNED_Q20_BASES PF_HQ_MEDIAN_MISMATCHES PF_MISMATCH_RATE PF_HQ_ERROR_RATE PF_INDEL_RATE MEAN_READ_LENGTH READS_ALIGNED_IN_PAIRS PCT_READS_ALIGNED_IN_PAIRS PF_READS_IMPROPER_PAIRS PCT_PF_READS_IMPROPER_PAIRS BAD_CYCLES STRAND_BALANCE PCT_CHIMERAS PCT_ADAPTER SAMPLE LIBRARY READ_GROUP
|
||||||
|
FIRST_OF_PAIR 10000 10000 1 0 10000 1 1000000 9367 936700 936700 0 0 0 0 100 10000 1 0 0 0 0.5078 0 0
|
||||||
|
SECOND_OF_PAIR 10000 10000 1 0 10000 1 1000000 9366 936600 936600 0 0.000001 0.000001 0 100 10000 1 0 0 0 0.4922 0 0
|
||||||
|
PAIR 20000 20000 1 0 20000 1 2000000 18733 1873300 1873300 0 0.000001 0.000001 0 100 20000 1 0 0 0 0.5 0 0
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Binary file not shown.
|
|
@ -0,0 +1,209 @@
|
||||||
|
## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
|
||||||
|
# CollectMultipleMetrics INPUT=test.paired_end.sorted.bam OUTPUT=test.CollectMultipleMetrics REFERENCE_SEQUENCE=NC_010473.fa ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] PROGRAM=[CollectAlignmentSummaryMetrics, CollectBaseDistributionByCycle, CollectInsertSizeMetrics, MeanQualityByCycle, QualityScoreDistribution] INCLUDE_UNPAIRED=false VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false
|
||||||
|
## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
|
||||||
|
# Started on: Fri Aug 07 15:24:11 GMT 2020
|
||||||
|
|
||||||
|
## METRICS CLASS picard.analysis.BaseDistributionByCycleMetrics
|
||||||
|
READ_END CYCLE PCT_A PCT_C PCT_G PCT_T PCT_N
|
||||||
|
1 1 24.74 25.02 25.61 24.63 0
|
||||||
|
1 2 25.5 23.74 25.96 24.8 0
|
||||||
|
1 3 24.91 25.4 24.96 24.73 0
|
||||||
|
1 4 25.44 25.36 24.59 24.61 0
|
||||||
|
1 5 25.33 25.28 25.04 24.35 0
|
||||||
|
1 6 24.94 25.83 25.25 23.98 0
|
||||||
|
1 7 24.26 25.58 26.45 23.71 0
|
||||||
|
1 8 23.87 26.45 25.17 24.51 0
|
||||||
|
1 9 24.03 26.08 25.7 24.19 0
|
||||||
|
1 10 24.8 24.8 25.34 25.06 0
|
||||||
|
1 11 25.03 25.07 24.86 25.04 0
|
||||||
|
1 12 24.37 25.97 25.25 24.41 0
|
||||||
|
1 13 25.16 24.85 25.59 24.4 0
|
||||||
|
1 14 24.27 25.69 25.79 24.25 0
|
||||||
|
1 15 24.69 25.93 25.62 23.76 0
|
||||||
|
1 16 24.86 25.94 24.97 24.23 0
|
||||||
|
1 17 24.38 25.68 25.18 24.76 0
|
||||||
|
1 18 24.03 25.63 25.9 24.44 0
|
||||||
|
1 19 24.48 24.89 25.72 24.91 0
|
||||||
|
1 20 24.06 25.07 25.75 25.12 0
|
||||||
|
1 21 24.76 25.39 24.4 25.45 0
|
||||||
|
1 22 25.18 25.02 24.66 25.14 0
|
||||||
|
1 23 24.54 25.44 25.83 24.19 0
|
||||||
|
1 24 23.7 26.35 25.59 24.36 0
|
||||||
|
1 25 23.81 24.86 25.83 25.5 0
|
||||||
|
1 26 24.57 25.78 25.11 24.54 0
|
||||||
|
1 27 24 25.53 25.8 24.67 0
|
||||||
|
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90 40
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||||||
|
91 40
|
||||||
|
92 40
|
||||||
|
93 40
|
||||||
|
94 40
|
||||||
|
95 40
|
||||||
|
96 40
|
||||||
|
97 40
|
||||||
|
98 40
|
||||||
|
99 40
|
||||||
|
100 40
|
||||||
|
101 40
|
||||||
|
102 40
|
||||||
|
103 40
|
||||||
|
104 40
|
||||||
|
105 40
|
||||||
|
106 40
|
||||||
|
107 40
|
||||||
|
108 40
|
||||||
|
109 40
|
||||||
|
110 40
|
||||||
|
111 40
|
||||||
|
112 40
|
||||||
|
113 40
|
||||||
|
114 40
|
||||||
|
115 40
|
||||||
|
116 40
|
||||||
|
117 40
|
||||||
|
118 40
|
||||||
|
119 40
|
||||||
|
120 40
|
||||||
|
121 40
|
||||||
|
122 40
|
||||||
|
123 40
|
||||||
|
124 40
|
||||||
|
125 40
|
||||||
|
126 40
|
||||||
|
127 40
|
||||||
|
128 40
|
||||||
|
129 40
|
||||||
|
130 40
|
||||||
|
131 40
|
||||||
|
132 40
|
||||||
|
133 40
|
||||||
|
134 40
|
||||||
|
135 40
|
||||||
|
136 40
|
||||||
|
137 40
|
||||||
|
138 40
|
||||||
|
139 40
|
||||||
|
140 40
|
||||||
|
141 40
|
||||||
|
142 40
|
||||||
|
143 40
|
||||||
|
144 40
|
||||||
|
145 40
|
||||||
|
146 40
|
||||||
|
147 40
|
||||||
|
148 40
|
||||||
|
149 40
|
||||||
|
150 40
|
||||||
|
151 40
|
||||||
|
152 40
|
||||||
|
153 40
|
||||||
|
154 40
|
||||||
|
155 40
|
||||||
|
156 40
|
||||||
|
157 40
|
||||||
|
158 40
|
||||||
|
159 40
|
||||||
|
160 40
|
||||||
|
161 40
|
||||||
|
162 40
|
||||||
|
163 40
|
||||||
|
164 40
|
||||||
|
165 40
|
||||||
|
166 40
|
||||||
|
167 40
|
||||||
|
168 40
|
||||||
|
169 40
|
||||||
|
170 40
|
||||||
|
171 40
|
||||||
|
172 40
|
||||||
|
173 40
|
||||||
|
174 40
|
||||||
|
175 40
|
||||||
|
176 40
|
||||||
|
177 40
|
||||||
|
178 40
|
||||||
|
179 40
|
||||||
|
180 40
|
||||||
|
181 40
|
||||||
|
182 40
|
||||||
|
183 40
|
||||||
|
184 40
|
||||||
|
185 40
|
||||||
|
186 40
|
||||||
|
187 40
|
||||||
|
188 40
|
||||||
|
189 40
|
||||||
|
190 40
|
||||||
|
191 40
|
||||||
|
192 40
|
||||||
|
193 40
|
||||||
|
194 40
|
||||||
|
195 40
|
||||||
|
196 40
|
||||||
|
197 40
|
||||||
|
198 40
|
||||||
|
199 40
|
||||||
|
200 40
|
||||||
|
|
||||||
Binary file not shown.
|
|
@ -0,0 +1,10 @@
|
||||||
|
## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
|
||||||
|
# CollectMultipleMetrics INPUT=test.paired_end.sorted.bam OUTPUT=test.CollectMultipleMetrics REFERENCE_SEQUENCE=NC_010473.fa ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] PROGRAM=[CollectAlignmentSummaryMetrics, CollectBaseDistributionByCycle, CollectInsertSizeMetrics, MeanQualityByCycle, QualityScoreDistribution] INCLUDE_UNPAIRED=false VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false
|
||||||
|
## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
|
||||||
|
# Started on: Fri Aug 07 15:24:11 GMT 2020
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
## HISTOGRAM java.lang.Byte
|
||||||
|
QUALITY COUNT_OF_Q
|
||||||
|
40 1999999
|
||||||
|
|
||||||
67
software/picard/markduplicates/meta.yml
Normal file
67
software/picard/markduplicates/meta.yml
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,67 @@
|
||||||
|
name: picard_markduplicates
|
||||||
|
description: Locate and tag duplicate reads in a BAM file
|
||||||
|
keywords:
|
||||||
|
- markduplicates
|
||||||
|
- pcr
|
||||||
|
- duplicates
|
||||||
|
- bam
|
||||||
|
- sam
|
||||||
|
- cram
|
||||||
|
tools:
|
||||||
|
- picard:
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
A set of command line tools (in Java) for manipulating high-throughput sequencing (HTS)
|
||||||
|
data and formats such as SAM/BAM/CRAM and VCF.
|
||||||
|
homepage: https://broadinstitute.github.io/picard/
|
||||||
|
documentation: https://broadinstitute.github.io/picard/
|
||||||
|
params:
|
||||||
|
- outdir:
|
||||||
|
type: string
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
The pipeline's output directory. By default, the module will
|
||||||
|
output files into `$params.outdir/<SOFTWARE>`
|
||||||
|
- publish_dir_mode:
|
||||||
|
type: string
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Value for the Nextflow `publishDir` mode parameter.
|
||||||
|
Available: symlink, rellink, link, copy, copyNoFollow, move.
|
||||||
|
- conda:
|
||||||
|
type: boolean
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Run the module with Conda using the software specified
|
||||||
|
via the `conda` directive
|
||||||
|
input:
|
||||||
|
- meta:
|
||||||
|
type: map
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Groovy Map containing sample information
|
||||||
|
e.g. [ id:'test', single_end:false ]
|
||||||
|
- bam:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: BAM file
|
||||||
|
pattern: "*.{bam}"
|
||||||
|
- options:
|
||||||
|
type: map
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Groovy Map containing module options for passing command-line arguments and
|
||||||
|
output file paths.
|
||||||
|
output:
|
||||||
|
- meta:
|
||||||
|
type: map
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Groovy Map containing sample information
|
||||||
|
e.g. [ id:'test', single_end:false ]
|
||||||
|
- bam:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: BAM file with duplicate reads marked/removed
|
||||||
|
pattern: "*.{bam}"
|
||||||
|
- metrics:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: Duplicate metrics file generated by picard
|
||||||
|
pattern: "*.{metrics.txt}"
|
||||||
|
- version:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: File containing software version
|
||||||
|
pattern: "*.{version.txt}"
|
||||||
|
authors:
|
||||||
|
- "@drpatelh"
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1 @@
|
||||||
|
../../../../../tests/data/bam/test.paired_end.sorted.bam
|
||||||
18
software/picard/markduplicates/test/main.nf
Executable file
18
software/picard/markduplicates/test/main.nf
Executable file
|
|
@ -0,0 +1,18 @@
|
||||||
|
#!/usr/bin/env nextflow
|
||||||
|
|
||||||
|
nextflow.enable.dsl = 2
|
||||||
|
|
||||||
|
include { PICARD_MARKDUPLICATES } from '../main.nf'
|
||||||
|
|
||||||
|
workflow test {
|
||||||
|
|
||||||
|
def input = []
|
||||||
|
input = [ [ id:'test', single_end:false ], // meta map
|
||||||
|
file("${baseDir}/input/test.paired_end.sorted.bam", checkIfExists: true) ]
|
||||||
|
|
||||||
|
PICARD_MARKDUPLICATES ( input, [:] )
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
workflow {
|
||||||
|
test()
|
||||||
|
}
|
||||||
20
software/picard/markduplicates/test/nextflow.config
Normal file
20
software/picard/markduplicates/test/nextflow.config
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,20 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
params {
|
||||||
|
outdir = "output/"
|
||||||
|
publish_dir_mode = "copy"
|
||||||
|
conda = false
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
profiles {
|
||||||
|
conda {
|
||||||
|
params.conda = true
|
||||||
|
}
|
||||||
|
docker {
|
||||||
|
docker.enabled = true
|
||||||
|
docker.runOptions = '-u \$(id -u):\$(id -g)'
|
||||||
|
}
|
||||||
|
singularity {
|
||||||
|
singularity.enabled = true
|
||||||
|
singularity.autoMounts = true
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,13 @@
|
||||||
|
## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
|
||||||
|
# MarkDuplicates INPUT=[test.paired_end.sorted.bam] OUTPUT=test.bam METRICS_FILE=test.MarkDuplicates.metrics.txt MAX_SEQUENCES_FOR_DISK_READ_ENDS_MAP=50000 MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=8000 SORTING_COLLECTION_SIZE_RATIO=0.25 TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS=false REMOVE_SEQUENCING_DUPLICATES=false TAGGING_POLICY=DontTag CLEAR_DT=true DUPLEX_UMI=false ADD_PG_TAG_TO_READS=true REMOVE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=false DUPLICATE_SCORING_STRATEGY=SUM_OF_BASE_QUALITIES PROGRAM_RECORD_ID=MarkDuplicates PROGRAM_GROUP_NAME=MarkDuplicates READ_NAME_REGEX=<optimized capture of last three ':' separated fields as numeric values> OPTICAL_DUPLICATE_PIXEL_DISTANCE=100 MAX_OPTICAL_DUPLICATE_SET_SIZE=300000 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false
|
||||||
|
## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
|
||||||
|
# Started on: Fri Aug 07 15:11:32 GMT 2020
|
||||||
|
|
||||||
|
## METRICS CLASS picard.sam.DuplicationMetrics
|
||||||
|
LIBRARY UNPAIRED_READS_EXAMINED READ_PAIRS_EXAMINED SECONDARY_OR_SUPPLEMENTARY_RDS UNMAPPED_READS UNPAIRED_READ_DUPLICATES READ_PAIR_DUPLICATES READ_PAIR_OPTICAL_DUPLICATES PERCENT_DUPLICATION ESTIMATED_LIBRARY_SIZE
|
||||||
|
Unknown Library 0 10000 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
|
||||||
|
## HISTOGRAM java.lang.Double
|
||||||
|
set_size all_sets non_optical_sets
|
||||||
|
1.0 10000 10000
|
||||||
|
|
||||||
BIN
software/picard/markduplicates/test/output/picard/test.bam
Normal file
BIN
software/picard/markduplicates/test/output/picard/test.bam
Normal file
Binary file not shown.
61
software/picard/mergesamfiles/meta.yml
Normal file
61
software/picard/mergesamfiles/meta.yml
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,61 @@
|
||||||
|
name: picard_mergesamfiles
|
||||||
|
description: Merges multiple BAM files into a single file
|
||||||
|
keywords:
|
||||||
|
- merge
|
||||||
|
- alignment
|
||||||
|
- bam
|
||||||
|
- sam
|
||||||
|
tools:
|
||||||
|
- picard:
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
A set of command line tools (in Java) for manipulating high-throughput sequencing (HTS)
|
||||||
|
data and formats such as SAM/BAM/CRAM and VCF.
|
||||||
|
homepage: https://broadinstitute.github.io/picard/
|
||||||
|
documentation: https://broadinstitute.github.io/picard/
|
||||||
|
params:
|
||||||
|
- outdir:
|
||||||
|
type: string
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
The pipeline's output directory. By default, the module will
|
||||||
|
output files into `$params.outdir/<SOFTWARE>`
|
||||||
|
- publish_dir_mode:
|
||||||
|
type: string
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Value for the Nextflow `publishDir` mode parameter.
|
||||||
|
Available: symlink, rellink, link, copy, copyNoFollow, move.
|
||||||
|
- conda:
|
||||||
|
type: boolean
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Run the module with Conda using the software specified
|
||||||
|
via the `conda` directive
|
||||||
|
input:
|
||||||
|
- meta:
|
||||||
|
type: map
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Groovy Map containing sample information
|
||||||
|
e.g. [ id:'test', single_end:false ]
|
||||||
|
- bam:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: List of BAM files
|
||||||
|
pattern: "*.{bam}"
|
||||||
|
- options:
|
||||||
|
type: map
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Groovy Map containing module options for passing command-line arguments and
|
||||||
|
output file paths.
|
||||||
|
output:
|
||||||
|
- meta:
|
||||||
|
type: map
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Groovy Map containing sample information
|
||||||
|
e.g. [ id:'test', single_end:false ]
|
||||||
|
- bam:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: Merged BAM file
|
||||||
|
pattern: "*.{bam}"
|
||||||
|
- version:
|
||||||
|
type: file
|
||||||
|
description: File containing software version
|
||||||
|
pattern: "*.{version.txt}"
|
||||||
|
authors:
|
||||||
|
- "@drpatelh"
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1 @@
|
||||||
|
../../../../../tests/data/bam/test.paired_end.sorted.bam
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1 @@
|
||||||
|
../../../../../tests/data/bam/test.paired_end.sorted.bam
|
||||||
19
software/picard/mergesamfiles/test/main.nf
Executable file
19
software/picard/mergesamfiles/test/main.nf
Executable file
|
|
@ -0,0 +1,19 @@
|
||||||
|
#!/usr/bin/env nextflow
|
||||||
|
|
||||||
|
nextflow.enable.dsl = 2
|
||||||
|
|
||||||
|
include { PICARD_MERGESAMFILES } from '../main.nf'
|
||||||
|
|
||||||
|
workflow test {
|
||||||
|
|
||||||
|
def input = []
|
||||||
|
input = [ [ id:'test', single_end:false ], // meta map
|
||||||
|
[ file("${baseDir}/input/test.paired_end.sorted.bam", checkIfExists: true),
|
||||||
|
file("${baseDir}/input/test.paired_end.COPY.sorted.bam", checkIfExists: true), ] ]
|
||||||
|
|
||||||
|
PICARD_MERGESAMFILES ( input, [:] )
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
workflow {
|
||||||
|
test()
|
||||||
|
}
|
||||||
20
software/picard/mergesamfiles/test/nextflow.config
Normal file
20
software/picard/mergesamfiles/test/nextflow.config
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,20 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
params {
|
||||||
|
outdir = "output/"
|
||||||
|
publish_dir_mode = "copy"
|
||||||
|
conda = false
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
profiles {
|
||||||
|
conda {
|
||||||
|
params.conda = true
|
||||||
|
}
|
||||||
|
docker {
|
||||||
|
docker.enabled = true
|
||||||
|
docker.runOptions = '-u \$(id -u):\$(id -g)'
|
||||||
|
}
|
||||||
|
singularity {
|
||||||
|
singularity.enabled = true
|
||||||
|
singularity.autoMounts = true
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
BIN
software/picard/mergesamfiles/test/output/picard/test.bam
Normal file
BIN
software/picard/mergesamfiles/test/output/picard/test.bam
Normal file
Binary file not shown.
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