From be390a25e55c321a9a7c748725611240351e4eca Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Anthony Underwood Date: Thu, 8 Apr 2021 18:15:23 +0100 Subject: [PATCH] adding fasttree module (#412) * adding fasttree module * correct trailing whitespace * using sarscov2 as a test dir * remove TODO * update test data naming * further test data naming updates * remove options in favour of $options.args * ensure non standard exit codes don't cause an issue * update md5sum --- software/fasttree/functions.nf | 60 +++++++++++++++++++ software/fasttree/main.nf | 38 ++++++++++++ software/fasttree/meta.yml | 32 ++++++++++ tests/config/pytest_software.yml | 4 ++ tests/config/test_data.config | 5 +- .../sarscov2/genome/alignment/all_sites.fas | 8 +++ .../genome/alignment/informative_sites.fas | 8 +++ tests/software/fasttree/main.nf | 12 ++++ tests/software/fasttree/test.yml | 7 +++ 9 files changed, 172 insertions(+), 2 deletions(-) create mode 100644 software/fasttree/functions.nf create mode 100644 software/fasttree/main.nf create mode 100644 software/fasttree/meta.yml create mode 100644 tests/data/genomics/sarscov2/genome/alignment/all_sites.fas create mode 100644 tests/data/genomics/sarscov2/genome/alignment/informative_sites.fas create mode 100644 tests/software/fasttree/main.nf create mode 100644 tests/software/fasttree/test.yml diff --git a/software/fasttree/functions.nf b/software/fasttree/functions.nf new file mode 100644 index 00000000..f177f0c8 --- /dev/null +++ b/software/fasttree/functions.nf @@ -0,0 +1,60 @@ +/* + * ----------------------------------------------------- + * Utility functions used in nf-core DSL2 module files + * ----------------------------------------------------- + */ + +/* + * Extract name of software tool from process name using $task.process + */ +def getSoftwareName(task_process) { + return task_process.tokenize(':')[-1].tokenize('_')[0].toLowerCase() +} + +/* + * Function to initialise default values and to generate a Groovy Map of available options for nf-core modules + */ +def initOptions(Map args) { + def Map options = [:] + options.args = args.args ?: '' + options.args2 = args.args2 ?: '' + options.args3 = args.args3 ?: '' + options.publish_by_id = args.publish_by_id ?: false + options.publish_dir = args.publish_dir ?: '' + options.publish_files = args.publish_files + options.suffix = args.suffix ?: '' + return options +} + +/* + * Tidy up and join elements of a list to return a path string + */ +def getPathFromList(path_list) { + def paths = path_list.findAll { item -> !item?.trim().isEmpty() } // Remove empty entries + paths = paths.collect { it.trim().replaceAll("^[/]+|[/]+\$", "") } // Trim whitespace and trailing slashes + return paths.join('/') +} + +/* + * Function to save/publish module results + */ +def saveFiles(Map args) { + if (!args.filename.endsWith('.version.txt')) { + def ioptions = initOptions(args.options) + def path_list = [ ioptions.publish_dir ?: args.publish_dir ] + if (ioptions.publish_by_id) { + path_list.add(args.publish_id) + } + if (ioptions.publish_files instanceof Map) { + for (ext in ioptions.publish_files) { + if (args.filename.endsWith(ext.key)) { + def ext_list = path_list.collect() + ext_list.add(ext.value) + return "${getPathFromList(ext_list)}/$args.filename" + } + } + } else if (ioptions.publish_files == null) { + return "${getPathFromList(path_list)}/$args.filename" + } + } +} diff --git a/software/fasttree/main.nf b/software/fasttree/main.nf new file mode 100644 index 00000000..42203e45 --- /dev/null +++ b/software/fasttree/main.nf @@ -0,0 +1,38 @@ +// Import generic module functions +include { initOptions; saveFiles; getSoftwareName } from './functions' + +params.options = [:] +options = initOptions(params.options) + +process FASTTREE { + label 'process_medium' + publishDir "${params.outdir}", + mode: params.publish_dir_mode, + saveAs: { filename -> saveFiles(filename:filename, options:params.options, publish_dir:getSoftwareName(task.process), publish_id:'') } + + conda (params.enable_conda ? "bioconda::fasttree=2.1.10" : null) + if (workflow.containerEngine == 'singularity' && !params.singularity_pull_docker_container) { + container "https://depot.galaxyproject.org/singularity/fasttree:2.1.10--h516909a_4" + } else { + container "quay.io/biocontainers/fasttree:2.1.10--h516909a_4" + } + + input: + path alignment + + output: + path "*.tre", emit: phylogeny + path "*.version.txt", emit: version + + script: + def software = getSoftwareName(task.process) + """ + fasttree \\ + $options.args \\ + -log fasttree_phylogeny.tre.log \\ + -nt $alignment \\ + > fasttree_phylogeny.tre + + echo \$(fasttree -help 2>&1) | head -1 | sed 's/^FastTree \\([0-9\\.]*\\) .*\$/\\1/' > ${software}.version.txt + """ +} diff --git a/software/fasttree/meta.yml b/software/fasttree/meta.yml new file mode 100644 index 00000000..5912395d --- /dev/null +++ b/software/fasttree/meta.yml @@ -0,0 +1,32 @@ +name: fasttree +description: Produces a Newick format phylogeny from a multiple sequence alignment. Capable of bacterial genome size alignments. +keywords: + - phylogeny + - newick +tools: + - fasttree: + description: FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences + homepage: http://www.microbesonline.org/fasttree/ + documentation: http://www.microbesonline.org/fasttree/#Usage + tool_dev_url: None + doi: "" + licence: ['GPL v2'] + +input: + - alignment: + type: file + description: A FASTA format multiple sequence alignment file + pattern: "*.{fasta,fas,fa,mfa}" + +output: + - version: + type: file + description: File containing software version + pattern: "*.{version.txt}" + - phylogeny: + type: file + description: A phylogeny in Newick format + pattern: "*.{tre}" + +authors: + - "@aunderwo" diff --git a/tests/config/pytest_software.yml b/tests/config/pytest_software.yml index cb865d0e..a8523c14 100644 --- a/tests/config/pytest_software.yml +++ b/tests/config/pytest_software.yml @@ -178,6 +178,10 @@ fastqc: - software/fastqc/** - tests/software/fastqc/** +fasttree: + - software/fasttree/** + - tests/software/fasttree/** + fgbio_callmolecularconsensusreads: - software/fgbio/callmolecularconsensusreads/** - tests/software/fgbio/callmolecularconsensusreads/** diff --git a/tests/config/test_data.config b/tests/config/test_data.config index d2b9a5bb..0d8e8827 100644 --- a/tests/config/test_data.config +++ b/tests/config/test_data.config @@ -25,8 +25,9 @@ params { kraken2_tar_gz = "${test_data_dir}/genomics/sarscov2/genome/db/kraken2.tar.gz" test_wig_gz = "${test_data_dir}/genomics/sarscov2/genome/gcwiggle/test.wig.gz" - - test_fas = "${test_data_dir}/genomics/sarscov2/genome/alignment/test.fas" + + all_sites_fas = "${test_data_dir}/genomics/sarscov2/genome/alignment/all_sites.fas" + informative_sites_fas = "${test_data_dir}/genomics/sarscov2/genome/alignment/informative_sites.fas" } 'illumina' { test_single_end_bam = "${test_data_dir}/genomics/sarscov2/illumina/bam/test_single_end.bam" diff --git a/tests/data/genomics/sarscov2/genome/alignment/all_sites.fas b/tests/data/genomics/sarscov2/genome/alignment/all_sites.fas new file mode 100644 index 00000000..59377930 --- /dev/null +++ b/tests/data/genomics/sarscov2/genome/alignment/all_sites.fas @@ -0,0 +1,8 @@ +>sample1 +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTCTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTNNNNNNNNNNNNNNNAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGAGATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGATTATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTGGCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAATTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTAGGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAAGGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTTGATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACCACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTTTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGAGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAATGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTAAACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAACTCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAATATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAACAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTATGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTTTCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTAAGGTGTTTACAACAGTAGACAACATNNNN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diff --git a/tests/data/genomics/sarscov2/genome/alignment/informative_sites.fas b/tests/data/genomics/sarscov2/genome/alignment/informative_sites.fas new file mode 100644 index 00000000..b511c88d --- /dev/null +++ b/tests/data/genomics/sarscov2/genome/alignment/informative_sites.fas @@ -0,0 +1,8 @@ +>sample1 +CCCCAGCCTTNTTGGTTCCTANNTCTACCCCTCTGTGGNCCGAGATGGGTCTAT +>sample2 +TCTTGTATCCCCCGGCCTTCGGCCTCTAGATTCGCCGCNCTTGCTAAACCTGTG +>sample3 +CCCCGGCCTCTCCGGCCCCTACTTCCACGCCTTTGCGGTTCGAGATGGGTCGTT +>sample4 +TTCCGGCCCCTCCTTCCCCTAGCCCCACGCCCCTGCTCCCCGAGATAACCCGTG diff --git a/tests/software/fasttree/main.nf b/tests/software/fasttree/main.nf new file mode 100644 index 00000000..f490f4ac --- /dev/null +++ b/tests/software/fasttree/main.nf @@ -0,0 +1,12 @@ +#!/usr/bin/env nextflow + +nextflow.enable.dsl = 2 + +include { FASTTREE } from '../../../software/fasttree/main.nf' addParams( options: [:] ) + +workflow test_fasttree { + + input = [ file(params.test_data['sarscov2']['genome']['informative_sites_fas'], checkIfExists: true) ] + + FASTTREE ( input ) +} diff --git a/tests/software/fasttree/test.yml b/tests/software/fasttree/test.yml new file mode 100644 index 00000000..408a0f4c --- /dev/null +++ b/tests/software/fasttree/test.yml @@ -0,0 +1,7 @@ +- name: fasttree + command: nextflow run ./tests/software/fasttree -entry test_fasttree -c tests/config/nextflow.config + tags: + - fasttree + files: + - path: output/fasttree/fasttree_phylogeny.tre + md5sum: 63a886117535847c1e66fa4487f3b7d2