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e13d634764
6 changed files with 748 additions and 0 deletions
84
modules/busco/main.nf
Normal file
84
modules/busco/main.nf
Normal file
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@ -0,0 +1,84 @@
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process BUSCO {
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tag "$meta.id"
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label 'process_medium'
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conda (params.enable_conda ? "bioconda::busco=5.3.2" : null)
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container "${ workflow.containerEngine == 'singularity' && !task.ext.singularity_pull_docker_container ?
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||||||
|
'https://depot.galaxyproject.org/singularity/busco:5.3.2--pyhdfd78af_0':
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||||||
|
'quay.io/biocontainers/busco:5.3.2--pyhdfd78af_0' }"
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||||||
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input:
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tuple val(meta), path('tmp_input/*')
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each lineage // Required: lineage to check against, "auto" enables --auto-lineage instead
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path busco_lineages_path // Recommended: path to busco lineages - downloads if not set
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path config_file // Optional: busco configuration file
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output:
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tuple val(meta), path("*-busco.batch_summary.txt"), emit: batch_summary
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tuple val(meta), path("short_summary.*.txt") , emit: short_summaries_txt, optional: true
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||||||
|
tuple val(meta), path("short_summary.*.json") , emit: short_summaries_json, optional: true
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||||||
|
tuple val(meta), path("*-busco") , emit: busco_dir
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||||||
|
path "versions.yml" , emit: versions
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when:
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task.ext.when == null || task.ext.when
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script:
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def args = task.ext.args ?: ''
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def prefix = task.ext.prefix ?: "${meta.id}-${lineage}"
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def busco_config = config_file ? "--config $config_file" : ''
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||||||
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def busco_lineage = lineage.equals('auto') ? '--auto-lineage' : "--lineage_dataset ${lineage}"
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||||||
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def busco_lineage_dir = busco_lineages_path ? "--offline --download_path ${busco_lineages_path}" : ''
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"""
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# Nextflow changes the container --entrypoint to /bin/bash (container default entrypoint: /usr/local/env-execute)
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# Check for container variable initialisation script and source it.
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if [ -f "/usr/local/env-activate.sh" ]; then
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set +u # Otherwise, errors out because of various unbound variables
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. "/usr/local/env-activate.sh"
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set -u
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fi
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# If the augustus config directory is not writable, then copy to writeable area
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if [ ! -w "\${AUGUSTUS_CONFIG_PATH}" ]; then
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|
# Create writable tmp directory for augustus
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AUG_CONF_DIR=\$( mktemp -d -p \$PWD )
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cp -r \$AUGUSTUS_CONFIG_PATH/* \$AUG_CONF_DIR
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export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=\$AUG_CONF_DIR
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echo "New AUGUSTUS_CONFIG_PATH=\${AUGUSTUS_CONFIG_PATH}"
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fi
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# Ensure the input is uncompressed
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INPUT_SEQS=input_seqs
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mkdir "\$INPUT_SEQS"
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cd "\$INPUT_SEQS"
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for FASTA in ../tmp_input/*; do
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if [ "\${FASTA##*.}" == 'gz' ]; then
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gzip -cdf "\$FASTA" > \$( basename "\$FASTA" .gz )
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else
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ln -s "\$FASTA" .
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|
fi
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done
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|
cd ..
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busco \\
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--cpu $task.cpus \\
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--in "\$INPUT_SEQS" \\
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--out ${prefix}-busco \\
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$busco_lineage \\
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$busco_lineage_dir \\
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$busco_config \\
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$args
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# clean up
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rm -rf "\$INPUT_SEQS"
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# Move files to avoid staging/publishing issues
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mv ${prefix}-busco/batch_summary.txt ${prefix}-busco.batch_summary.txt
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mv ${prefix}-busco/*/short_summary.*.{json,txt} . || echo "Short summaries were not available: No genes were found."
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cat <<-END_VERSIONS > versions.yml
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"${task.process}":
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busco: \$( busco --version 2>&1 | sed 's/^BUSCO //' )
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||||||
|
END_VERSIONS
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||||||
|
"""
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||||||
|
}
|
||||||
69
modules/busco/meta.yml
Normal file
69
modules/busco/meta.yml
Normal file
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@ -0,0 +1,69 @@
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|
name: busco
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|
description: Benchmarking Universal Single Copy Orthologs
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keywords:
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- quality control
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- genome
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- transcriptome
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- proteome
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tools:
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- busco:
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|
description: BUSCO provides measures for quantitative assessment of genome assembly, gene set, and transcriptome completeness based on evolutionarily informed expectations of gene content from near-universal single-copy orthologs selected from OrthoDB.
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|
homepage: https://busco.ezlab.org/
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|
documentation: https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html
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|
tool_dev_url: https://gitlab.com/ezlab/busco
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|
doi: "10.1007/978-1-4939-9173-0_14"
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|
licence: ["MIT"]
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input:
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- meta:
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|
type: map
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|
description: |
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||||||
|
Groovy Map containing sample information
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||||||
|
e.g. [ id:'test', single_end:false ]
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|
- fasta:
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|
type: file
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||||||
|
description: Nucleic or amino acid sequence file in FASTA format.
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|
pattern: "*.{fasta,fna,fa,fasta.gz,fna.gz,fa.gz}"
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|
- lineage:
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||||||
|
type: value
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||||||
|
description: The BUSCO lineage to use, or "auto" to automatically select lineage
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- busco_lineages_path:
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||||||
|
type: directory
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||||||
|
description: Path to local BUSCO lineages directory.
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- config_file:
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|
type: file
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|
description: Path to BUSCO config file.
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|
output:
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|
- meta:
|
||||||
|
type: map
|
||||||
|
description: |
|
||||||
|
Groovy Map containing sample information
|
||||||
|
e.g. [ id:'test', single_end:false ]
|
||||||
|
- batch_summary:
|
||||||
|
type: file
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||||||
|
description: Summary of all sequence files analyzed
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|
pattern: "*-busco.batch_summary.txt"
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||||||
|
- short_summaries_txt:
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|
type: file
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||||||
|
description: Short Busco summary in plain text format
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|
pattern: "short_summary.*.txt"
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||||||
|
- short_summaries_json:
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|
type: file
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|
description: Short Busco summary in JSON format
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|
pattern: "short_summary.*.json"
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||||||
|
- busco_dir:
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|
type: directory
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|
description: BUSCO lineage specific output
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||||||
|
pattern: "*-busco"
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|
- versions:
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|
type: file
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||||||
|
description: File containing software versions
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||||||
|
pattern: "versions.yml"
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authors:
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- "@priyanka-surana"
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|
- "@charles-plessy"
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|
- "@mahesh-panchal"
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||||||
|
- "@muffato"
|
||||||
|
- "@jvhagey"
|
||||||
|
|
@ -337,6 +337,10 @@ bracken/bracken:
|
||||||
- modules/bracken/bracken/**
|
- modules/bracken/bracken/**
|
||||||
- tests/modules/bracken/bracken/**
|
- tests/modules/bracken/bracken/**
|
||||||
|
|
||||||
|
busco:
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||||||
|
- modules/busco/**
|
||||||
|
- tests/modules/busco/**
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||||||
|
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||||||
bwa/aln:
|
bwa/aln:
|
||||||
- modules/bwa/aln/**
|
- modules/bwa/aln/**
|
||||||
- tests/modules/bwa/aln/**
|
- tests/modules/bwa/aln/**
|
||||||
|
|
|
||||||
404
tests/modules/busco/main.nf
Normal file
404
tests/modules/busco/main.nf
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,404 @@
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|
#!/usr/bin/env nextflow
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nextflow.enable.dsl = 2
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include { BUSCO } from '../../../modules/busco/main.nf'
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workflow test_busco_genome_single_fasta {
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input = [
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|
[ id:'test' ], // meta map
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|
file( params.test_data['bacteroides_fragilis']['genome']['genome_fna_gz'], checkIfExists: true)
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|
]
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BUSCO (
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|
input,
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['bacteria_odb10', 'bacteroidetes_odb10'], // Launch with 'auto' to use --auto-lineage, and specified lineages // 'auto' removed from test due to memory issues
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|
[], // Download busco lineage
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[], // No config
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)
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/* Output tree:
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/tmp/tmpyz_hi62i/busco/
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|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmpza_0dth3/33/7d8c9b2c8931d9ad6a67aa843895e7/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmpza_0dth3/33/7d8c9b2c8931d9ad6a67aa843895e7/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmpza_0dth3/6a/e95a0cd21785ce33d63b8f73a68a51/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmpza_0dth3/6a/e95a0cd21785ce33d63b8f73a68a51/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt
|
||||||
|
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmpza_0dth3/33/7d8c9b2c8931d9ad6a67aa843895e7/test-bacteria_odb10-busco/
|
||||||
|
│ ├── genome.fna/
|
||||||
|
│ │ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── prodigal_err.log
|
||||||
|
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
||||||
|
│ │ ├── prodigal_output/
|
||||||
|
│ │ │ └── predicted_genes/
|
||||||
|
│ │ └── run_bacteria_odb10/
|
||||||
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||||
|
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||||
|
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── short_summary.json
|
||||||
|
│ │ └── short_summary.txt
|
||||||
|
│ └── logs/
|
||||||
|
│ └── busco.log
|
||||||
|
├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpza_0dth3/33/7d8c9b2c8931d9ad6a67aa843895e7/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
├── test-bacteroidetes_odb10-busco -> /tmp/tmpza_0dth3/6a/e95a0cd21785ce33d63b8f73a68a51/test-bacteroidetes_odb10-busco/
|
||||||
|
│ ├── genome.fna/
|
||||||
|
│ │ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── prodigal_err.log
|
||||||
|
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
||||||
|
│ │ ├── prodigal_output/
|
||||||
|
│ │ │ └── predicted_genes/
|
||||||
|
│ │ └── run_bacteroidetes_odb10/
|
||||||
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||||
|
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||||
|
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── short_summary.json
|
||||||
|
│ │ └── short_summary.txt
|
||||||
|
│ └── logs/
|
||||||
|
│ └── busco.log
|
||||||
|
├── test-bacteroidetes_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpza_0dth3/6a/e95a0cd21785ce33d63b8f73a68a51/test-bacteroidetes_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
└── versions.yml -> /tmp/tmpza_0dth3/6a/e95a0cd21785ce33d63b8f73a68a51/versions.yml
|
||||||
|
|
||||||
|
Former Output tree -w 'auto':
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||||||
|
/tmp/tmp846crjv2/busco/
|
||||||
|
├── short_summary.generic.bacteria_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmpi6af66j1/18/8be22ecd7a71471ff5082bd512972b/short_summary.generic.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||||
|
├── short_summary.generic.bacteria_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmpi6af66j1/18/8be22ecd7a71471ff5082bd512972b/short_summary.generic.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmpi6af66j1/45/107812e983a8e695c380ebc215e7d9/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmpi6af66j1/45/107812e983a8e695c380ebc215e7d9/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteroidales_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmpi6af66j1/18/8be22ecd7a71471ff5082bd512972b/short_summary.specific.bacteroidales_odb10.genome.fna.json
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteroidales_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmpi6af66j1/18/8be22ecd7a71471ff5082bd512972b/short_summary.specific.bacteroidales_odb10.genome.fna.txt
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmpi6af66j1/a2/eb4a34894f3ac5554759ad6c9f652b/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmpi6af66j1/a2/eb4a34894f3ac5554759ad6c9f652b/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt
|
||||||
|
├── test-auto-busco -> /tmp/tmpi6af66j1/18/8be22ecd7a71471ff5082bd512972b/test-auto-busco/
|
||||||
|
│ ├── genome.fna/
|
||||||
|
│ │ ├── auto_lineage/
|
||||||
|
│ │ │ ├── run_archaea_odb10/
|
||||||
|
│ │ │ ├── run_bacteria_odb10/
|
||||||
|
│ │ │ └── run_eukaryota_odb10/
|
||||||
|
│ │ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── metaeuk_err.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── metaeuk_out.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── prodigal_err.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── prodigal_out.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── sepp_err.log
|
||||||
|
│ │ │ └── sepp_out.log
|
||||||
|
│ │ ├── prodigal_output/
|
||||||
|
│ │ │ └── predicted_genes/
|
||||||
|
│ │ ├── run_bacteria_odb10 -> /tmp/tmpi6af66j1/18/8be22ecd7a71471ff5082bd512972b/test-auto-busco/genome.fna/auto_lineage/run_bacteria_odb10/ [recursive, not followed]
|
||||||
|
│ │ └── run_bacteroidales_odb10/
|
||||||
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||||
|
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||||
|
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── short_summary.json
|
||||||
|
│ │ └── short_summary.txt
|
||||||
|
│ └── logs/
|
||||||
|
│ └── busco.log
|
||||||
|
├── test-auto-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpi6af66j1/18/8be22ecd7a71471ff5082bd512972b/test-auto-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmpi6af66j1/45/107812e983a8e695c380ebc215e7d9/test-bacteria_odb10-busco/
|
||||||
|
│ ├── genome.fna/
|
||||||
|
│ │ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── prodigal_err.log
|
||||||
|
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
||||||
|
│ │ ├── prodigal_output/
|
||||||
|
│ │ │ └── predicted_genes/
|
||||||
|
│ │ └── run_bacteria_odb10/
|
||||||
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||||
|
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||||
|
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── short_summary.json
|
||||||
|
│ │ └── short_summary.txt
|
||||||
|
│ └── logs/
|
||||||
|
│ └── busco.log
|
||||||
|
├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpi6af66j1/45/107812e983a8e695c380ebc215e7d9/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
├── test-bacteroidetes_odb10-busco -> /tmp/tmpi6af66j1/a2/eb4a34894f3ac5554759ad6c9f652b/test-bacteroidetes_odb10-busco/
|
||||||
|
│ ├── genome.fna/
|
||||||
|
│ │ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── prodigal_err.log
|
||||||
|
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
||||||
|
│ │ ├── prodigal_output/
|
||||||
|
│ │ │ └── predicted_genes/
|
||||||
|
│ │ └── run_bacteroidetes_odb10/
|
||||||
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||||
|
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||||
|
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── short_summary.json
|
||||||
|
│ │ └── short_summary.txt
|
||||||
|
│ └── logs/
|
||||||
|
│ └── busco.log
|
||||||
|
├── test-bacteroidetes_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpi6af66j1/a2/eb4a34894f3ac5554759ad6c9f652b/test-bacteroidetes_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
└── versions.yml -> /tmp/tmpi6af66j1/18/8be22ecd7a71471ff5082bd512972b/versions.yml
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
workflow test_busco_genome_multi_fasta {
|
||||||
|
|
||||||
|
input = [
|
||||||
|
[ id:'test' ], // meta map
|
||||||
|
[
|
||||||
|
file( params.test_data['bacteroides_fragilis']['genome']['genome_fna_gz'], checkIfExists: true),
|
||||||
|
file( params.test_data['candidatus_portiera_aleyrodidarum']['genome']['genome_fasta'], checkIfExists: true)
|
||||||
|
]
|
||||||
|
]
|
||||||
|
|
||||||
|
BUSCO (
|
||||||
|
input,
|
||||||
|
'bacteria_odb10',
|
||||||
|
[], // Download busco lineage
|
||||||
|
[], // No config
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Output tree:
|
||||||
|
/tmp/tmpk19byek7/busco/
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.json -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.json
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.txt -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.txt
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||||
|
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/test-bacteria_odb10-busco/
|
||||||
|
│ ├── genome.fasta/
|
||||||
|
│ │ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── prodigal_err.log
|
||||||
|
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
||||||
|
│ │ ├── prodigal_output/
|
||||||
|
│ │ │ └── predicted_genes/
|
||||||
|
│ │ └── run_bacteria_odb10/
|
||||||
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||||
|
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||||
|
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── short_summary.json
|
||||||
|
│ │ └── short_summary.txt
|
||||||
|
│ ├── genome.fna/
|
||||||
|
│ │ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── prodigal_err.log
|
||||||
|
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
||||||
|
│ │ ├── prodigal_output/
|
||||||
|
│ │ │ └── predicted_genes/
|
||||||
|
│ │ └── run_bacteria_odb10/
|
||||||
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||||
|
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||||
|
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── short_summary.json
|
||||||
|
│ │ └── short_summary.txt
|
||||||
|
│ └── logs/
|
||||||
|
│ └── busco.log
|
||||||
|
├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
└── versions.yml -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/versions.yml
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
workflow test_busco_eukaryote_metaeuk {
|
||||||
|
|
||||||
|
input = [
|
||||||
|
[ id:'test' ], // meta map
|
||||||
|
file( params.test_data['homo_sapiens']['genome']['genome_fasta'], checkIfExists: true)
|
||||||
|
]
|
||||||
|
|
||||||
|
BUSCO (
|
||||||
|
input,
|
||||||
|
'eukaryota_odb10',
|
||||||
|
[], // Download busco lineage
|
||||||
|
[], // No config
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Output tree:
|
||||||
|
/tmp/tmpeq4dsir5/busco/
|
||||||
|
├── short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.json -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.json
|
||||||
|
├── short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.txt -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.txt
|
||||||
|
├── test-eukaryota_odb10-busco -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/test-eukaryota_odb10-busco/
|
||||||
|
│ ├── genome.fasta/
|
||||||
|
│ │ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── metaeuk_err.log
|
||||||
|
│ │ │ └── metaeuk_out.log
|
||||||
|
│ │ └── run_eukaryota_odb10/
|
||||||
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||||
|
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||||
|
│ │ ├── metaeuk_output/
|
||||||
|
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── short_summary.json
|
||||||
|
│ │ └── short_summary.txt
|
||||||
|
│ └── logs/
|
||||||
|
│ └── busco.log
|
||||||
|
├── test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
└── versions.yml -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/versions.yml
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
workflow test_busco_eukaryote_augustus {
|
||||||
|
|
||||||
|
input = [
|
||||||
|
[ id:'test' ], // meta map
|
||||||
|
file( params.test_data['homo_sapiens']['genome']['genome_fasta'], checkIfExists: true)
|
||||||
|
]
|
||||||
|
|
||||||
|
BUSCO (
|
||||||
|
input,
|
||||||
|
'eukaryota_odb10',
|
||||||
|
[], // Download busco lineage
|
||||||
|
[], // No config
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Output tree:
|
||||||
|
/tmp/tmp2xqaygjj/busco/
|
||||||
|
├── test-eukaryota_odb10-busco -> /tmp/tmpjqs61x9o/3f/67cc14e873c0ceb45e2a27594d624c/test-eukaryota_odb10-busco/
|
||||||
|
│ ├── genome.fasta/
|
||||||
|
│ │ ├── blast_db/
|
||||||
|
│ │ │ ├── genome.fasta.ndb
|
||||||
|
│ │ │ ├── genome.fasta.nhr
|
||||||
|
│ │ │ ├── genome.fasta.nin
|
||||||
|
│ │ │ ├── genome.fasta.not
|
||||||
|
│ │ │ ├── genome.fasta.nsq
|
||||||
|
│ │ │ ├── genome.fasta.ntf
|
||||||
|
│ │ │ └── genome.fasta.nto
|
||||||
|
│ │ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ │ ├── makeblastdb_err.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── makeblastdb_out.log
|
||||||
|
│ │ │ ├── tblastn_err.log
|
||||||
|
│ │ │ └── tblastn_out.log
|
||||||
|
│ │ └── run_eukaryota_odb10/
|
||||||
|
│ │ ├── augustus_output/
|
||||||
|
│ │ ├── blast_output/
|
||||||
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||||
|
│ │ └── hmmer_output/
|
||||||
|
│ └── logs/
|
||||||
|
│ └── busco.log
|
||||||
|
├── test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpjqs61x9o/3f/67cc14e873c0ceb45e2a27594d624c/test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
└── versions.yml -> /tmp/tmpjqs61x9o/3f/67cc14e873c0ceb45e2a27594d624c/versions.yml
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
workflow test_busco_protein {
|
||||||
|
|
||||||
|
input = [
|
||||||
|
[ id:'test' ], // meta map
|
||||||
|
file( params.test_data['candidatus_portiera_aleyrodidarum']['genome']['proteome_fasta'], checkIfExists: true)
|
||||||
|
]
|
||||||
|
|
||||||
|
BUSCO (
|
||||||
|
input,
|
||||||
|
'bacteria_odb10',
|
||||||
|
[], // Download busco lineage
|
||||||
|
[], // No config
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Output tree:
|
||||||
|
/tmp/tmpzwd5dn56/busco/
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.json -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.json
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.txt -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.txt
|
||||||
|
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/test-bacteria_odb10-busco/
|
||||||
|
│ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ └── busco.log
|
||||||
|
│ └── proteome.fasta/
|
||||||
|
│ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||||
|
│ │ └── hmmsearch_out.log
|
||||||
|
│ └── run_bacteria_odb10/
|
||||||
|
│ ├── busco_sequences/
|
||||||
|
│ ├── full_table.tsv
|
||||||
|
│ ├── hmmer_output/
|
||||||
|
│ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||||
|
│ ├── short_summary.json
|
||||||
|
│ └── short_summary.txt
|
||||||
|
├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
└── versions.yml -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/versions.yml
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
}
|
||||||
|
workflow test_busco_transcriptome {
|
||||||
|
|
||||||
|
input = [
|
||||||
|
[ id:'test' ], // meta map
|
||||||
|
file( params.test_data['bacteroides_fragilis']['illumina']['test1_contigs_fa_gz'], checkIfExists: true)
|
||||||
|
]
|
||||||
|
|
||||||
|
BUSCO (
|
||||||
|
input,
|
||||||
|
'bacteria_odb10',
|
||||||
|
[], // Download busco lineage
|
||||||
|
[], // No config
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Output tree:
|
||||||
|
/tmp/tmpitjyvo9g/busco/
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.json -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.json
|
||||||
|
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.txt -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.txt
|
||||||
|
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/test-bacteria_odb10-busco/
|
||||||
|
│ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ └── busco.log
|
||||||
|
│ └── test1.contigs.fa/
|
||||||
|
│ ├── blast_db/
|
||||||
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.ndb
|
||||||
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.nhr
|
||||||
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.nin
|
||||||
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.not
|
||||||
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.nsq
|
||||||
|
│ │ ├── test1.contigs.fa.ntf
|
||||||
|
│ │ └── test1.contigs.fa.nto
|
||||||
|
│ ├── logs/
|
||||||
|
│ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||||
|
│ │ ├── hmmsearch_out.log
|
||||||
|
│ │ ├── makeblastdb_err.log
|
||||||
|
│ │ ├── makeblastdb_out.log
|
||||||
|
│ │ ├── tblastn_err.log
|
||||||
|
│ │ └── tblastn_out.log
|
||||||
|
│ ├── run_bacteria_odb10/
|
||||||
|
│ │ ├── blast_output/
|
||||||
|
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||||
|
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||||
|
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||||
|
│ │ ├── short_summary.json
|
||||||
|
│ │ ├── short_summary.txt
|
||||||
|
│ │ └── single_copy_proteins.faa
|
||||||
|
│ └── translated_proteins/
|
||||||
|
│ ├── 1024388at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1054741at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1093223at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1151822at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 143460at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1491686at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1504821at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1574817at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1592033at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1623045at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1661836at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1674344at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1698718at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 1990650at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 223233at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 402899at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 505485at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 665824at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 776861at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 874197at2.faa
|
||||||
|
│ ├── 932854at2.faa
|
||||||
|
│ └── 95696at2.faa
|
||||||
|
├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
└── versions.yml -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/versions.yml
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
28
tests/modules/busco/nextflow.config
Normal file
28
tests/modules/busco/nextflow.config
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,28 @@
|
||||||
|
process {
|
||||||
|
|
||||||
|
publishDir = { "${params.outdir}/${task.process.tokenize(':')[-1].tokenize('_')[0].toLowerCase()}" }
|
||||||
|
|
||||||
|
withName: 'test_busco_genome_single_fasta:BUSCO' {
|
||||||
|
ext.args = '--mode genome'
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
withName: 'test_busco_genome_multi_fasta:BUSCO' {
|
||||||
|
ext.args = '--mode genome'
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
withName: 'test_busco_eukaryote_metaeuk:BUSCO' {
|
||||||
|
ext.args = '--mode genome'
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
withName: 'test_busco_eukaryote_augustus:BUSCO' {
|
||||||
|
ext.args = '--mode genome --augustus'
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
withName: 'test_busco_protein:BUSCO' {
|
||||||
|
ext.args = '--mode proteins'
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
withName: 'test_busco_transcriptome:BUSCO'{
|
||||||
|
ext.args = '--mode transcriptome'
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
159
tests/modules/busco/test.yml
Normal file
159
tests/modules/busco/test.yml
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,159 @@
|
||||||
|
- name: busco test_busco_genome_single_fasta
|
||||||
|
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_genome_single_fasta -c tests/config/nextflow.config
|
||||||
|
tags:
|
||||||
|
- busco
|
||||||
|
files:
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "one_line_summary"
|
||||||
|
- "input_file"
|
||||||
|
- "mode"
|
||||||
|
- "dataset"
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "BUSCO version"
|
||||||
|
- "The lineage dataset is"
|
||||||
|
- "BUSCO was run in mode"
|
||||||
|
- "Complete BUSCOs"
|
||||||
|
- "Missing BUSCOs"
|
||||||
|
- "Dependencies and versions"
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "one_line_summary"
|
||||||
|
- "input_file"
|
||||||
|
- "mode"
|
||||||
|
- "dataset"
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "BUSCO version"
|
||||||
|
- "The lineage dataset is"
|
||||||
|
- "BUSCO was run in mode"
|
||||||
|
- "Complete BUSCOs"
|
||||||
|
- "Missing BUSCOs"
|
||||||
|
- "Dependencies and versions"
|
||||||
|
- path: output/busco/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
md5sum: e50690742e9ae6abdd2bf99334ff9e12
|
||||||
|
- path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
md5sum: 4c1b2c4317c88398eddc30877ed740d9
|
||||||
|
- path: output/busco/versions.yml
|
||||||
|
md5sum: 8aa830f71587d859df35c6cfab59f35d
|
||||||
|
|
||||||
|
- name: busco test_busco_genome_multi_fasta
|
||||||
|
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_genome_multi_fasta -c tests/config/nextflow.config
|
||||||
|
tags:
|
||||||
|
- busco
|
||||||
|
files:
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.json
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "one_line_summary"
|
||||||
|
- "input_file"
|
||||||
|
- "mode"
|
||||||
|
- "dataset"
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.txt
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "BUSCO version"
|
||||||
|
- "The lineage dataset is"
|
||||||
|
- "BUSCO was run in mode"
|
||||||
|
- "Complete BUSCOs"
|
||||||
|
- "Missing BUSCOs"
|
||||||
|
- "Dependencies and versions"
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "one_line_summary"
|
||||||
|
- "input_file"
|
||||||
|
- "mode"
|
||||||
|
- "dataset"
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "BUSCO version"
|
||||||
|
- "The lineage dataset is"
|
||||||
|
- "BUSCO was run in mode"
|
||||||
|
- "Complete BUSCOs"
|
||||||
|
- "Missing BUSCOs"
|
||||||
|
- "Dependencies and versions"
|
||||||
|
- path: output/busco/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
md5sum: 5360dfe83bec1f5741ee115e53e6b517
|
||||||
|
- path: output/busco/versions.yml
|
||||||
|
md5sum: 9a959eb0a1f765777dff1ea2f5c139c0
|
||||||
|
|
||||||
|
- name: busco test_busco_eukaryote_metaeuk
|
||||||
|
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_eukaryote_metaeuk -c tests/config/nextflow.config
|
||||||
|
tags:
|
||||||
|
- busco
|
||||||
|
files:
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.json
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "one_line_summary"
|
||||||
|
- "input_file"
|
||||||
|
- "mode"
|
||||||
|
- "dataset"
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.txt
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "BUSCO version"
|
||||||
|
- "The lineage dataset is"
|
||||||
|
- "BUSCO was run in mode"
|
||||||
|
- "Complete BUSCOs"
|
||||||
|
- "Missing BUSCOs"
|
||||||
|
- "Dependencies and versions"
|
||||||
|
- path: output/busco/test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
md5sum: a70806f99ba5706d7353d3353b3f1d2b
|
||||||
|
- path: output/busco/versions.yml
|
||||||
|
md5sum: 34a808c257e6db1b0456f3b4372bc477
|
||||||
|
|
||||||
|
- name: busco test_busco_eukaryote_augustus
|
||||||
|
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_eukaryote_augustus -c tests/config/nextflow.config
|
||||||
|
tags:
|
||||||
|
- busco
|
||||||
|
files:
|
||||||
|
- path: output/busco/test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
md5sum: 660393dd43cd6a093b952d4b8ad41e40
|
||||||
|
- path: output/busco/versions.yml
|
||||||
|
md5sum: 2caac915461410b16a1524ac064cd0df
|
||||||
|
|
||||||
|
- name: busco test_busco_protein
|
||||||
|
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_protein -c tests/config/nextflow.config
|
||||||
|
tags:
|
||||||
|
- busco
|
||||||
|
files:
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.json
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "one_line_summary"
|
||||||
|
- "input_file"
|
||||||
|
- "mode"
|
||||||
|
- "dataset"
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.txt
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "BUSCO version"
|
||||||
|
- "The lineage dataset is"
|
||||||
|
- "BUSCO was run in mode"
|
||||||
|
- "Complete BUSCOs"
|
||||||
|
- "Missing BUSCOs"
|
||||||
|
- "Dependencies and versions"
|
||||||
|
- path: output/busco/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
md5sum: fd3b4e30ce74d1fcb95d6286d6e2049f
|
||||||
|
- path: output/busco/versions.yml
|
||||||
|
md5sum: d7392261a57960a7e6aea609dce824f5
|
||||||
|
|
||||||
|
- name: busco test_busco_transcriptome
|
||||||
|
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_transcriptome -c tests/config/nextflow.config
|
||||||
|
tags:
|
||||||
|
- busco
|
||||||
|
files:
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.json
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "one_line_summary"
|
||||||
|
- "input_file"
|
||||||
|
- "mode"
|
||||||
|
- "dataset"
|
||||||
|
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.txt
|
||||||
|
contains:
|
||||||
|
- "BUSCO version"
|
||||||
|
- "The lineage dataset is"
|
||||||
|
- "BUSCO was run in mode"
|
||||||
|
- "Complete BUSCOs"
|
||||||
|
- "Missing BUSCOs"
|
||||||
|
- "Dependencies and versions"
|
||||||
|
- path: output/busco/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||||
|
md5sum: 9a176cafe66ac0adca89dc34ad2be13f
|
||||||
|
- path: output/busco/versions.yml
|
||||||
|
md5sum: 30eacbc7df70f6b1e72e0a7b6d02a7e1
|
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