Update busco input type (#2135)

* Update busco input type

* Fix singularity test

modules/busco/main.nf

@@ -9,7 +9,7 @@ process BUSCO {
 
     input:
     tuple val(meta), path('tmp_input/*')
-    each lineage                          // Required:    lineage to check against, "auto" enables --auto-lineage instead
+    val lineage                           // Required:    lineage to check against, "auto" enables --auto-lineage instead
     path busco_lineages_path              // Recommended: path to busco lineages - downloads if not set
     path config_file                      // Optional:    busco configuration file
 

tests/modules/busco/main.nf

@@ -13,58 +13,11 @@ workflow test_busco_genome_single_fasta {
 
     BUSCO (
         input,
-        ['bacteria_odb10', 'bacteroidetes_odb10'],  // Launch with 'auto' to use --auto-lineage, and specified lineages // 'auto' removed from test due to memory issues
+        'bacteria_odb10', // Launch with 'auto' to use --auto-lineage, and specified lineages // 'auto' removed from test due to memory issues
         [], // Download busco lineage
         [] // No config
     )
 
-    /* Output tree:
-    /tmp/tmpyz_hi62i/busco/
-    ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmpza_0dth3/33/7d8c9b2c8931d9ad6a67aa843895e7/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
-    ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmpza_0dth3/33/7d8c9b2c8931d9ad6a67aa843895e7/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
-    ├── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmpza_0dth3/6a/e95a0cd21785ce33d63b8f73a68a51/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json
-    ├── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmpza_0dth3/6a/e95a0cd21785ce33d63b8f73a68a51/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt
-    ├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmpza_0dth3/33/7d8c9b2c8931d9ad6a67aa843895e7/test-bacteria_odb10-busco/
-    │   ├── genome.fna/
-    │   │   ├── logs/
-    │   │   │   ├── hmmsearch_err.log
-    │   │   │   ├── hmmsearch_out.log
-    │   │   │   ├── prodigal_err.log
-    │   │   │   └── prodigal_out.log
-    │   │   ├── prodigal_output/
-    │   │   │   └── predicted_genes/
-    │   │   └── run_bacteria_odb10/
-    │   │       ├── busco_sequences/
-    │   │       ├── full_table.tsv
-    │   │       ├── hmmer_output/
-    │   │       ├── missing_busco_list.tsv
-    │   │       ├── short_summary.json
-    │   │       └── short_summary.txt
-    │   └── logs/
-    │       └── busco.log
-    ├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpza_0dth3/33/7d8c9b2c8931d9ad6a67aa843895e7/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
-    ├── test-bacteroidetes_odb10-busco -> /tmp/tmpza_0dth3/6a/e95a0cd21785ce33d63b8f73a68a51/test-bacteroidetes_odb10-busco/
-    │   ├── genome.fna/
-    │   │   ├── logs/
-    │   │   │   ├── hmmsearch_err.log
-    │   │   │   ├── hmmsearch_out.log
-    │   │   │   ├── prodigal_err.log
-    │   │   │   └── prodigal_out.log
-    │   │   ├── prodigal_output/
-    │   │   │   └── predicted_genes/
-    │   │   └── run_bacteroidetes_odb10/
-    │   │       ├── busco_sequences/
-    │   │       ├── full_table.tsv
-    │   │       ├── hmmer_output/
-    │   │       ├── missing_busco_list.tsv
-    │   │       ├── short_summary.json
-    │   │       └── short_summary.txt
-    │   └── logs/
-    │       └── busco.log
-    ├── test-bacteroidetes_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpza_0dth3/6a/e95a0cd21785ce33d63b8f73a68a51/test-bacteroidetes_odb10-busco.batch_summary.txt
-    └── versions.yml -> /tmp/tmpza_0dth3/6a/e95a0cd21785ce33d63b8f73a68a51/versions.yml
-    */
-
 }
 
 workflow test_busco_genome_multi_fasta {
@@ -84,49 +37,6 @@ workflow test_busco_genome_multi_fasta {
         [] // No config
     )
 
-    /* Output tree:
-    /tmp/tmpk19byek7/busco/
-    ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.json -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.json
-    ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.txt -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.txt
-    ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
-    ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
-    ├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/test-bacteria_odb10-busco/
-    │   ├── genome.fasta/
-    │   │   ├── logs/
-    │   │   │   ├── hmmsearch_err.log
-    │   │   │   ├── hmmsearch_out.log
-    │   │   │   ├── prodigal_err.log
-    │   │   │   └── prodigal_out.log
-    │   │   ├── prodigal_output/
-    │   │   │   └── predicted_genes/
-    │   │   └── run_bacteria_odb10/
-    │   │       ├── busco_sequences/
-    │   │       ├── full_table.tsv
-    │   │       ├── hmmer_output/
-    │   │       ├── missing_busco_list.tsv
-    │   │       ├── short_summary.json
-    │   │       └── short_summary.txt
-    │   ├── genome.fna/
-    │   │   ├── logs/
-    │   │   │   ├── hmmsearch_err.log
-    │   │   │   ├── hmmsearch_out.log
-    │   │   │   ├── prodigal_err.log
-    │   │   │   └── prodigal_out.log
-    │   │   ├── prodigal_output/
-    │   │   │   └── predicted_genes/
-    │   │   └── run_bacteria_odb10/
-    │   │       ├── busco_sequences/
-    │   │       ├── full_table.tsv
-    │   │       ├── hmmer_output/
-    │   │       ├── missing_busco_list.tsv
-    │   │       ├── short_summary.json
-    │   │       └── short_summary.txt
-    │   └── logs/
-    │       └── busco.log
-    ├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
-    └── versions.yml -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/versions.yml
-    */
-
 }
 
 workflow test_busco_eukaryote_metaeuk {
@@ -143,31 +53,6 @@ workflow test_busco_eukaryote_metaeuk {
         [] // No config
     )
 
-    /* Output tree:
-    /tmp/tmpeq4dsir5/busco/
-    ├── short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.json -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.json
-    ├── short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.txt -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.txt
-    ├── test-eukaryota_odb10-busco -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/test-eukaryota_odb10-busco/
-    │   ├── genome.fasta/
-    │   │   ├── logs/
-    │   │   │   ├── hmmsearch_err.log
-    │   │   │   ├── hmmsearch_out.log
-    │   │   │   ├── metaeuk_err.log
-    │   │   │   └── metaeuk_out.log
-    │   │   └── run_eukaryota_odb10/
-    │   │       ├── busco_sequences/
-    │   │       ├── full_table.tsv
-    │   │       ├── hmmer_output/
-    │   │       ├── metaeuk_output/
-    │   │       ├── missing_busco_list.tsv
-    │   │       ├── short_summary.json
-    │   │       └── short_summary.txt
-    │   └── logs/
-    │       └── busco.log
-    ├── test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt
-    └── versions.yml -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/versions.yml
-    */
-
 }
 
 workflow test_busco_eukaryote_augustus {
@@ -184,34 +69,6 @@ workflow test_busco_eukaryote_augustus {
         [] // No config
     )
 
-    /* Output tree:
-    /tmp/tmp2xqaygjj/busco/
-    ├── test-eukaryota_odb10-busco -> /tmp/tmpjqs61x9o/3f/67cc14e873c0ceb45e2a27594d624c/test-eukaryota_odb10-busco/
-    │   ├── genome.fasta/
-    │   │   ├── blast_db/
-    │   │   │   ├── genome.fasta.ndb
-    │   │   │   ├── genome.fasta.nhr
-    │   │   │   ├── genome.fasta.nin
-    │   │   │   ├── genome.fasta.not
-    │   │   │   ├── genome.fasta.nsq
-    │   │   │   ├── genome.fasta.ntf
-    │   │   │   └── genome.fasta.nto
-    │   │   ├── logs/
-    │   │   │   ├── makeblastdb_err.log
-    │   │   │   ├── makeblastdb_out.log
-    │   │   │   ├── tblastn_err.log
-    │   │   │   └── tblastn_out.log
-    │   │   └── run_eukaryota_odb10/
-    │   │       ├── augustus_output/
-    │   │       ├── blast_output/
-    │   │       ├── busco_sequences/
-    │   │       └── hmmer_output/
-    │   └── logs/
-    │       └── busco.log
-    ├── test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpjqs61x9o/3f/67cc14e873c0ceb45e2a27594d624c/test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt
-    └── versions.yml -> /tmp/tmpjqs61x9o/3f/67cc14e873c0ceb45e2a27594d624c/versions.yml
-    */
-
 }
 
 workflow test_busco_protein {
@@ -228,28 +85,8 @@ workflow test_busco_protein {
         [] // No config
     )
 
-    /* Output tree:
-    /tmp/tmpzwd5dn56/busco/
-    ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.json -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.json
-    ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.txt -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.txt
-    ├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/test-bacteria_odb10-busco/
-    │   ├── logs/
-    │   │   └── busco.log
-    │   └── proteome.fasta/
-    │       ├── logs/
-    │       │   ├── hmmsearch_err.log
-    │       │   └── hmmsearch_out.log
-    │       └── run_bacteria_odb10/
-    │           ├── busco_sequences/
-    │           ├── full_table.tsv
-    │           ├── hmmer_output/
-    │           ├── missing_busco_list.tsv
-    │           ├── short_summary.json
-    │           └── short_summary.txt
-    ├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
-    └── versions.yml -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/versions.yml
-    */
 }
+
 workflow test_busco_transcriptome {
 
     input = [
@@ -264,63 +101,4 @@ workflow test_busco_transcriptome {
         [] // No config
     )
 
-    /* Output tree:
-    /tmp/tmpitjyvo9g/busco/
-    ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.json -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.json
-    ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.txt -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.txt
-    ├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/test-bacteria_odb10-busco/
-    │   ├── logs/
-    │   │   └── busco.log
-    │   └── test1.contigs.fa/
-    │       ├── blast_db/
-    │       │   ├── test1.contigs.fa.ndb
-    │       │   ├── test1.contigs.fa.nhr
-    │       │   ├── test1.contigs.fa.nin
-    │       │   ├── test1.contigs.fa.not
-    │       │   ├── test1.contigs.fa.nsq
-    │       │   ├── test1.contigs.fa.ntf
-    │       │   └── test1.contigs.fa.nto
-    │       ├── logs/
-    │       │   ├── hmmsearch_err.log
-    │       │   ├── hmmsearch_out.log
-    │       │   ├── makeblastdb_err.log
-    │       │   ├── makeblastdb_out.log
-    │       │   ├── tblastn_err.log
-    │       │   └── tblastn_out.log
-    │       ├── run_bacteria_odb10/
-    │       │   ├── blast_output/
-    │       │   ├── busco_sequences/
-    │       │   ├── full_table.tsv
-    │       │   ├── hmmer_output/
-    │       │   ├── missing_busco_list.tsv
-    │       │   ├── short_summary.json
-    │       │   ├── short_summary.txt
-    │       │   └── single_copy_proteins.faa
-    │       └── translated_proteins/
-    │           ├── 1024388at2.faa
-    │           ├── 1054741at2.faa
-    │           ├── 1093223at2.faa
-    │           ├── 1151822at2.faa
-    │           ├── 143460at2.faa
-    │           ├── 1491686at2.faa
-    │           ├── 1504821at2.faa
-    │           ├── 1574817at2.faa
-    │           ├── 1592033at2.faa
-    │           ├── 1623045at2.faa
-    │           ├── 1661836at2.faa
-    │           ├── 1674344at2.faa
-    │           ├── 1698718at2.faa
-    │           ├── 1990650at2.faa
-    │           ├── 223233at2.faa
-    │           ├── 402899at2.faa
-    │           ├── 505485at2.faa
-    │           ├── 665824at2.faa
-    │           ├── 776861at2.faa
-    │           ├── 874197at2.faa
-    │           ├── 932854at2.faa
-    │           └── 95696at2.faa
-    ├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
-    └── versions.yml -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/versions.yml
-    */
-
 }

tests/modules/busco/test.yml

@@ -16,19 +16,6 @@
         - "Complete BUSCOs"
         - "Missing BUSCOs"
         - "Dependencies and versions"
-    - path: output/busco/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json
-      contains:
-        - "one_line_summary"
-        - "mode"
-        - "dataset"
-    - path: output/busco/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt
-      contains:
-        - "BUSCO version"
-        - "The lineage dataset is"
-        - "BUSCO was run in mode"
-        - "Complete BUSCOs"
-        - "Missing BUSCOs"
-        - "Dependencies and versions"
     - path: output/busco/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
       md5sum: bc2440f8a68d7fbf931ff911c1c3fdfa
     - path: output/busco/test-bacteria_odb10-busco/genome.fna/logs/bbtools_err.log
@@ -93,70 +80,6 @@
         - "DEBUG:busco.run_BUSCO"
         - "Results from dataset"
         - "how to cite BUSCO"
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco.batch_summary.txt
-      md5sum: 5ad8ecfbf4058b059e5edeb9170fc683
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/logs/bbtools_err.log
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/logs/bbtools_out.log
-      contains:
-        - "IUPAC"
-        - "genome scaffold"
-        - "Coverage"
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/logs/hmmsearch_err.log
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/logs/hmmsearch_out.log
-      contains:
-        - "# hmmsearch :: search profile(s) against a sequence database"
-        - "# target sequence database:"
-        - "Internal pipeline statistics summary:"
-        - "[ok]"
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/logs/prodigal_err.log
-      md5sum: 538510cfc7483498210f01e53fe035ad
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/logs/prodigal_out.log
-      md5sum: 61050b0706addc9498b2088a2d6efa9a
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/prodigal_output/.checkpoint
-      contains:
-        - "Tool: prodigal"
-        - "Completed"
-        - "jobs"
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/prodigal_output/predicted_genes/predicted.faa
-      md5sum: 836e9a80d33d8b89168f07ddc13ee991
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/prodigal_output/predicted_genes/predicted.fna
-      md5sum: 20eeb75f86842e6e136f02bca8b73a9f
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/prodigal_output/predicted_genes/tmp/prodigal_mode_single_code_11.faa
-      md5sum: 836e9a80d33d8b89168f07ddc13ee991
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/prodigal_output/predicted_genes/tmp/prodigal_mode_single_code_11.fna
-      md5sum: 20eeb75f86842e6e136f02bca8b73a9f
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/prodigal_output/predicted_genes/tmp/prodigal_mode_single_code_11_err.log
-      md5sum: 538510cfc7483498210f01e53fe035ad
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/prodigal_output/predicted_genes/tmp/prodigal_mode_single_code_11_out.log
-      md5sum: 61050b0706addc9498b2088a2d6efa9a
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/run_bacteroidetes_odb10/.bbtools_output/.checkpoint
-      contains:
-        - "Tool: bbtools"
-        - "Completed"
-        - "jobs"
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/run_bacteroidetes_odb10/busco_sequences/fragmented_busco_sequences.tar.gz
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/run_bacteroidetes_odb10/busco_sequences/multi_copy_busco_sequences.tar.gz
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/run_bacteroidetes_odb10/busco_sequences/single_copy_busco_sequences.tar.gz
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/run_bacteroidetes_odb10/full_table.tsv
-      md5sum: 2360bb06f7171dafaa7ebf879789689b
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/run_bacteroidetes_odb10/hmmer_output.tar.gz
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/run_bacteroidetes_odb10/missing_busco_list.tsv
-      md5sum: e1fb12cf416448d35fbc5c508065963a
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/run_bacteroidetes_odb10/short_summary.json
-      contains:
-        - "one_line_summary"
-        - "mode"
-        - "lineage_dataset"
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/genome.fna/run_bacteroidetes_odb10/short_summary.txt
-      contains:
-        - "# BUSCO version is:"
-        - "Results:"
-        - "busco:"
-    - path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco/logs/busco.log
-      contains:
-        - "DEBUG:busco.run_BUSCO"
-        - "Results from dataset"
-        - "how to cite BUSCO"
 
 - name: busco test_busco_genome_multi_fasta
   command: nextflow run ./tests/modules/busco -entry test_busco_genome_multi_fasta -c ./tests/config/nextflow.config  -c ./tests/modules/busco/nextflow.config