FriederikeHanssen c8ebd0de36 Add msisensorpro (#1267) ... * Add msisensorpro * remove absolute paths * fixing tests * fix msisensorpro tests * Update modules/msisensorpro/msi_somatic/main.nf Co-authored-by: Maxime U. Garcia <maxime.garcia@scilifelab.se> * Update modules/msisensorpro/msi_somatic/main.nf Co-authored-by: Maxime U. Garcia <maxime.garcia@scilifelab.se> * add when back in * add when back in * Update modules/msisensorpro/msi_somatic/main.nf Co-authored-by: Maxime U. Garcia <maxime.garcia@scilifelab.se> * update description * Update main.nf * Update main.nf * Update main.nf Co-authored-by: Maxime U. Garcia <maxime.garcia@scilifelab.se>		2022-02-09 21:05:49 +01:00
..
abacas	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
adapterremoval	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
agrvate	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
allelecounter	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
amps	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
arriba	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
artic	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
assemblyscan	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
ataqv/ataqv	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bakta	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bamaligncleaner	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bamcmp	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bamtools	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bamutil/trimbam	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bandage/image	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bbmap	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bcftools	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bedtools	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bismark	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
blast	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bowtie	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bowtie2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bwa	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bwamem2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
bwameth	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
cat	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
cellranger	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
checkm/lineagewf	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
chromap	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
clonalframeml	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
cmseq/polymut	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
cnvkit/batch	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
cooler	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
csvtk	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
custom	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
cutadapt	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
damageprofiler	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
dastool	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
dedup	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
deeparg	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
deeptools	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
deepvariant	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
delly/call	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
diamond	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
dragmap	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
dragonflye	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
dshbio	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
ectyper	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
emmtyper	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
ensemblvep	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
expansionhunter	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
fargene	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
fastani	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
fastp	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
fastqc	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
fastqscan	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
fasttree	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
fgbio	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
filtlong	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
flash	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
freebayes	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
gatk4	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
genmap	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
genrich	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
gffread	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
glnexus	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
graphmap2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
gstama	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
gtdbtk/classifywf	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
gubbins	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
gunc	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
gunzip	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
hicap	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
hifiasm	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
hisat2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
hmmcopy	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
hmmer/hmmalign	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
homer	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
idr	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
imputeme/vcftoprs	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
iqtree	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
ismapper	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
isoseq3	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
ivar	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
jupyternotebook	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
kallisto/index	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
kallistobustools	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
khmer/normalizebymedian	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
kleborate	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
kraken2/kraken2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
krona	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
last	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
leehom	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
lima	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
lissero	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
lofreq	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
macrel/contigs	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
macs2/callpeak	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
malt	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
maltextract	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
manta	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
mapdamage2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
mash	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
mashtree	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
maxbin2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
medaka	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
megahit	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
meningotype	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
metabat2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
metaphlan3	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
methyldackel	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
minia	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
miniasm	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
minimap2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
mlst	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
mosdepth	Update mosdepth (#1256)	2022-02-09 12:45:55 +00:00
msisensor	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
msisensorpro	Add msisensorpro (#1267)	2022-02-09 21:05:49 +01:00
mtnucratio	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
multiqc	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
mummer	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
muscle	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
nanolyse	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
nanoplot	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
ncbigenomedownload	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
nextclade	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
ngmaster	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
nucmer	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
optitype	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
pairix	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
pairtools	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
pangolin	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
paraclu	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
pbbam/pbmerge	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
pbccs	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
peddy	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
phantompeakqualtools	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
phyloflash	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
picard	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
pirate	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
plasmidid	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
plink	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
plink2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
pmdtools/filter	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
porechop	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
preseq/lcextrap	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
prodigal	fix yml formatting (#1263)	2022-02-07 18:16:43 +01:00
prokka	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
pycoqc	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
pydamage	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
qcat	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
qualimap	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
quast	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
racon	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
rapidnj	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
rasusa	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
raven	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
raxmlng	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
rmarkdownnotebook	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
roary	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
rsem	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
rseqc	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
salmon	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
samblaster	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
samtools	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
scoary	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
seacr/callpeak	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
seqkit/split2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
seqsero2	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
seqtk	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
sequenzautils	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
seqwish/induce	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
shovill	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
snpdists	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
snpeff	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
snpsift/split	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
snpsites	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
sortmerna	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
spades	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
spatyper	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
sratools	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
staphopiasccmec	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
star	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
strelka	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
stringtie	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
subread/featurecounts	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
svdb	Add svdb/merge (#1233)	2022-02-04 15:29:44 +01:00
tabix	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
tbprofiler/profile	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
tiddit	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
transdecoder	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
trimgalore	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
ucsc	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
ultra/pipeline	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
umitools	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
unicycler	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
untar	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
unzip	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
variantbam	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
vcfanno	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
vcflib/vcfuniq	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
vcftools	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00
yara	Add when: block (#1261)	2022-02-04 09:53:32 +01:00