#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    nf-core/wartanalysis
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    Github : https://github.com/nf-core/wartanalysis
    Website: https://nf-co.re/wartanalysis
    Slack  : https://nfcore.slack.com/channels/wartanalysis
----------------------------------------------------------------------------------------
*/

nextflow.enable.dsl = 2

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    IMPORT FUNCTIONS / MODULES / SUBWORKFLOWS / WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

include { WARTANALYSIS  } from './workflows/wartanalysis'
include { PIPELINE_INITIALISATION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_wartanalysis_pipeline'
include { PIPELINE_COMPLETION     } from './subworkflows/local/utils_nfcore_wartanalysis_pipeline'

include { getGenomeAttribute      } from './subworkflows/local/utils_nfcore_wartanalysis_pipeline'

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    GENOME PARAMETER VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

// TODO nf-core: Remove this line if you don't need a FASTA file
//   This is an example of how to use getGenomeAttribute() to fetch parameters
//   from igenomes.config using `--genome`
params.fasta = getGenomeAttribute('fasta')

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    NAMED WORKFLOWS FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

//
// WORKFLOW: Run main analysis pipeline depending on type of input
//
workflow NFCORE_WARTANALYSIS {

    take:
    samplesheet // channel: samplesheet read in from --input

    main:

    //
    // WORKFLOW: Run pipeline
    //
    WARTANALYSIS (
        samplesheet
    )

    emit:
    multiqc_report = WARTANALYSIS.out.multiqc_report // channel: /path/to/multiqc_report.html

}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    RUN MAIN WORKFLOW
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

workflow {

    main:

    //
    // SUBWORKFLOW: Run initialisation tasks
    //
    PIPELINE_INITIALISATION (
        params.version,
        params.help,
        params.validate_params,
        params.monochrome_logs,
        args,
        params.outdir,
        params.input
    )

    //
    // WORKFLOW: Run main workflow
    //
    NFCORE_WARTANALYSIS (
        PIPELINE_INITIALISATION.out.samplesheet
    )

    //
    // SUBWORKFLOW: Run completion tasks
    //
    PIPELINE_COMPLETION (
        params.email,
        params.email_on_fail,
        params.plaintext_email,
        params.outdir,
        params.monochrome_logs,
        params.hook_url,
        NFCORE_WARTANALYSIS.out.multiqc_report
    )
}

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/