refactor: Move EFETCH module to its own file
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18875ae1a6
2 changed files with 21 additions and 21 deletions
22
main.nf
22
main.nf
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@ -1,5 +1,6 @@
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#!/usr/bin/env nextflow
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#!/usr/bin/env nextflow
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include { EFETCH } from './modules/efetch'
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include { HAPLINK_VARIANTS } from './modules/haplink/variants'
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include { HAPLINK_VARIANTS } from './modules/haplink/variants'
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include { VIQUAS } from './modules/viquas'
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include { VIQUAS } from './modules/viquas'
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@ -68,27 +69,6 @@ workflow {
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)
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)
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}
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}
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process EFETCH {
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cpus 1
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memory '256.MB'
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container 'quay.io/biocontainers/entrez-direct:16.2--he881be0_1'
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publishDir "results", mode: 'copy'
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output:
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path 'idv4.fasta'
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script:
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"""
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esearch \\
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-db nucleotide \\
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-query "NC_036618.1" \\
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| efetch \\
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-format fasta \\
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> idv4.fasta
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"""
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}
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process NANOFILT {
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process NANOFILT {
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cpus 1
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cpus 1
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memory '8.GB'
|
memory '8.GB'
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||||||
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20
modules/efetch/main.nf
Normal file
20
modules/efetch/main.nf
Normal file
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@ -0,0 +1,20 @@
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process EFETCH {
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cpus 1
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memory '256.MB'
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container 'quay.io/biocontainers/entrez-direct:16.2--he881be0_1'
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publishDir "results", mode: 'copy'
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output:
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path 'idv4.fasta'
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||||||
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script:
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|
"""
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esearch \\
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-db nucleotide \\
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-query "NC_036618.1" \\
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||||||
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| efetch \\
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||||||
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-format fasta \\
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||||||
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> idv4.fasta
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||||||
|
"""
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||||||
|
}
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