refactor: Move HAPLINK_VARIANTS module to its own folder
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2829d51533
2 changed files with 23 additions and 23 deletions
24
main.nf
24
main.nf
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@ -1,5 +1,6 @@
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#!/usr/bin/env nextflow
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#!/usr/bin/env nextflow
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include { HAPLINK_VARIANTS } from './modules/haplink/variants'
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include { VIQUAS } from './modules/viquas'
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include { VIQUAS } from './modules/viquas'
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workflow {
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workflow {
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@ -195,29 +196,6 @@ process SHORAH_SHOTGUN {
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"""
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"""
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}
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}
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process HAPLINK_VARIANTS {
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cpus 2
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memory '12.GB'
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input:
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tuple val(prefix), path(bam), path(bai)
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path reference
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output:
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tuple val(prefix), path("*.vcf")
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publishDir "results", mode: 'copy'
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script:
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"""
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export JULIA_NUM_THREADS=${task.cpus}
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haplink variants \\
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"${reference}" \\
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"${bam}" \\
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> "${prefix}.vcf"
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"""
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}
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process HAPLINK_RAW_HAPLOTYPES {
|
process HAPLINK_RAW_HAPLOTYPES {
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cpus 2
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cpus 2
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memory '12.GB'
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memory '12.GB'
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modules/haplink/variants/main.nf
Normal file
22
modules/haplink/variants/main.nf
Normal file
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@ -0,0 +1,22 @@
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process HAPLINK_VARIANTS {
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cpus 2
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memory '12.GB'
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input:
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tuple val(prefix), path(bam), path(bai)
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path reference
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|
output:
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tuple val(prefix), path("*.vcf")
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publishDir "results", mode: 'copy'
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script:
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"""
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export JULIA_NUM_THREADS=${task.cpus}
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haplink variants \\
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"${reference}" \\
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"${bam}" \\
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> "${prefix}.vcf"
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|
"""
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}
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