refactor: Replace in-workflow HAPLINK processes with imported modules
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52ca8f1528
2 changed files with 10 additions and 53 deletions
55
main.nf
55
main.nf
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@ -1,6 +1,8 @@
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#!/usr/bin/env nextflow
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#!/usr/bin/env nextflow
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include { EFETCH } from './modules/efetch'
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include { EFETCH } from './modules/efetch'
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include { HAPLINK_HAPLOTYPES as HAPLINK_ML_HAPLOTYPES } from './modules/haplink/haplotypes'
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include { HAPLINK_HAPLOTYPES as HAPLINK_RAW_HAPLOTYPES } from './modules/haplink/haplotypes'
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include { HAPLINK_VARIANTS } from './modules/haplink/variants'
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include { HAPLINK_VARIANTS } from './modules/haplink/variants'
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include { MINIMAP2 } from './modules/minimap2'
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include { MINIMAP2 } from './modules/minimap2'
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include { NANOFILT } form './modules/nanofilt'
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include { NANOFILT } form './modules/nanofilt'
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@ -73,59 +75,6 @@ workflow {
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)
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)
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}
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}
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process HAPLINK_RAW_HAPLOTYPES {
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cpus 2
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memory '12.GB'
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input:
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tuple val(prefix), path(bam), path(bai), path(vcf)
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path reference
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output:
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tuple val(prefix), path("*.yaml")
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publishDir "results/raw-haplotypes", mode: 'copy'
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script:
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"""
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export JULIA_NUM_THREADS=${task.cpus}
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haplink haplotypes \\
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"${reference}" \\
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"${vcf}" \\
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"${bam}" \\
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--frequency 0.01 \\
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> "${prefix}.yaml"
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"""
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}
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process HAPLINK_ML_HAPLOTYPES {
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cpus 8
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memory '12.GB'
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input:
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tuple val(prefix), path(bam), path(bai), path(vcf)
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||||||
path reference
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||||||
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||||||
output:
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||||||
tuple val(prefix), path("*.yaml")
|
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||||||
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||||||
publishDir "results/ml-haplotypes", mode: 'copy'
|
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||||||
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script:
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||||||
"""
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||||||
export JULIA_NUM_THREADS=${task.cpus}
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haplink haplotypes \\
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"${reference}" \\
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"${vcf}" \\
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"${bam}" \\
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--simulated-reads \\
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--overlap-min 20 \\
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--overlap-max 8000 \\
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--frequency 0.01 \\
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> "${prefix}.yaml"
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"""
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}
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process HAPLINK_SEQUENCES {
|
process HAPLINK_SEQUENCES {
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cpus 1
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cpus 1
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memory '6.GB'
|
memory '6.GB'
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||||||
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@ -1,6 +1,14 @@
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process {
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process {
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errorStrategy = 'finish'
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errorStrategy = 'finish'
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time = '7d'
|
time = '7d'
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||||||
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withName: 'HAPLINK_ML_HAPLOTYPES' {
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ext.ml_args = """
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--simulated-reads \\
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||||||
|
--overlap-min 20 \\
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||||||
|
--overlap-max 8000 \\
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||||||
|
"""
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||||||
|
}
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||||||
}
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}
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||||||
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||||||
singularity.enabled = true
|
singularity.enabled = true
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||||||
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