refactor: Move MINIMAP2 module to separate file
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a9aa590f00
2 changed files with 33 additions and 33 deletions
34
main.nf
34
main.nf
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@ -2,6 +2,7 @@
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include { EFETCH } from './modules/efetch'
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include { EFETCH } from './modules/efetch'
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include { HAPLINK_VARIANTS } from './modules/haplink/variants'
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include { HAPLINK_VARIANTS } from './modules/haplink/variants'
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include { MINIMAP2 } from './modules/minimap2'
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include { NANOFILT } form './modules/nanofilt'
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include { NANOFILT } form './modules/nanofilt'
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include { VIQUAS } from './modules/viquas'
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include { VIQUAS } from './modules/viquas'
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@ -70,39 +71,6 @@ workflow {
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)
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)
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}
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}
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process MINIMAP2 {
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cpus 4
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memory '8.GB'
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container 'quay.io/biocontainers/mulled-v2-66534bcbb7031a148b13e2ad42583020b9cd25c4:1679e915ddb9d6b4abda91880c4b48857d471bd8-0'
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input:
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tuple val(prefix), path(reads)
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path reference
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||||||
publishDir "results", mode: 'copy'
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output:
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tuple val(prefix), path("*.bam"), path("*.bam.bai")
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script:
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"""
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minimap2 \\
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-x map-ont \\
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--MD \\
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--eqx \\
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-t ${task.cpus} \\
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||||||
-a \\
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"${reference}" \\
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"${reads}" \\
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| samtools sort \\
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| samtools view \\
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-@ ${task.cpus} \\
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-b \\
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||||||
-h \\
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||||||
-o "${prefix}.bam"
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samtools index "${prefix}.bam"
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||||||
"""
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}
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||||||
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process SHORAH_AMPLICON {
|
process SHORAH_AMPLICON {
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||||||
label 'process_high'
|
label 'process_high'
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||||||
container 'quay.io/biocontainers/shorah:1.99.2--py38h73782ee_8'
|
container 'quay.io/biocontainers/shorah:1.99.2--py38h73782ee_8'
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||||||
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modules/minimap2/main.nf
Normal file
32
modules/minimap2/main.nf
Normal file
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@ -0,0 +1,32 @@
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process MINIMAP2 {
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cpus 4
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memory '8.GB'
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container 'quay.io/biocontainers/mulled-v2-66534bcbb7031a148b13e2ad42583020b9cd25c4:1679e915ddb9d6b4abda91880c4b48857d471bd8-0'
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input:
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tuple val(prefix), path(reads)
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|
path reference
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publishDir "results", mode: 'copy'
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output:
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tuple val(prefix), path("*.bam"), path("*.bam.bai")
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script:
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"""
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minimap2 \\
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-x map-ont \\
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--MD \\
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--eqx \\
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-t ${task.cpus} \\
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-a \\
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"${reference}" \\
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"${reads}" \\
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| samtools sort \\
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||||||
|
| samtools view \\
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||||||
|
-@ ${task.cpus} \\
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||||||
|
-b \\
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||||||
|
-h \\
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||||||
|
-o "${prefix}.bam"
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|
samtools index "${prefix}.bam"
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||||||
|
"""
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||||||
|
}
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