refactor: Move NANOFILT module to its own file
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f157b0395e
2 changed files with 28 additions and 28 deletions
29
main.nf
29
main.nf
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@ -2,6 +2,7 @@
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include { EFETCH } from './modules/efetch'
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include { EFETCH } from './modules/efetch'
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include { HAPLINK_VARIANTS } from './modules/haplink/variants'
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include { HAPLINK_VARIANTS } from './modules/haplink/variants'
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include { NANOFILT } form './modules/nanofilt'
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include { VIQUAS } from './modules/viquas'
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include { VIQUAS } from './modules/viquas'
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workflow {
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workflow {
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@ -69,34 +70,6 @@ workflow {
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)
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)
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}
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}
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process NANOFILT {
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cpus 1
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memory '8.GB'
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container 'quay.io/biocontainers/nanofilt:2.8.0--py_0'
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input:
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||||||
tuple val(prefix), path(reads)
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output:
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tuple val(prefix), path("*_trimmed.fastq.gz")
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script:
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"""
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gzip \\
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-cdf "${reads}" \\
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| NanoFilt \\
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||||||
--logfile "trimmed/${prefix}.nanofilt.log" \\
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||||||
--length 100 \\
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||||||
--quality 7 \\
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||||||
--headcrop 30 \\
|
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||||||
--tailcrop 30 \\
|
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||||||
--minGC 0.1 \\
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||||||
--maxGC 0.9 \\
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||||||
| gzip \\
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||||||
> "${prefix}_trimmed.fastq.gz"
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"""
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||||||
}
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process MINIMAP2 {
|
process MINIMAP2 {
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cpus 4
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cpus 4
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memory '8.GB'
|
memory '8.GB'
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||||||
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27
modules/nanofilt/main.nf
Normal file
27
modules/nanofilt/main.nf
Normal file
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@ -0,0 +1,27 @@
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process NANOFILT {
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cpus 1
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memory '8.GB'
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container 'quay.io/biocontainers/nanofilt:2.8.0--py_0'
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|
input:
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tuple val(prefix), path(reads)
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|
output:
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||||||
|
tuple val(prefix), path("*_trimmed.fastq.gz")
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||||||
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script:
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|
"""
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|
gzip \\
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-cdf "${reads}" \\
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| NanoFilt \\
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--logfile "trimmed/${prefix}.nanofilt.log" \\
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--length 100 \\
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--quality 7 \\
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||||||
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--headcrop 30 \\
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||||||
|
--tailcrop 30 \\
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|
--minGC 0.1 \\
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||||||
|
--maxGC 0.9 \\
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|
| gzip \\
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> "${prefix}_trimmed.fastq.gz"
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||||||
|
"""
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||||||
|
}
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