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commit
8e5cc7838c
1 changed files with 6 additions and 16 deletions
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@ -8,25 +8,15 @@ params {
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process {
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process {
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executor = 'slurm'
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executor = 'slurm'
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module = 'singularity/3.2.1'
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module = 'singularity/3.2.1'
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queue = 'c'
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queue = { task.memory <= 170.GB ? 'c' : 'm' }
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clusterOptions = { task.time <= 8.h ? '--qos short': task.time <= 48.h ? '--qos medium' : '--qos long' }
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}
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}
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singularity.enabled = true
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singularity.enabled = true
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params {
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params {
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target_qos = 'medium'
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params.max_cpus = 36
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params.max_memory = 170.GB
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igenomesIgnore = true
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}
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if (params.target_qos == 'short') {
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params.max_time = 8.h
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process.clusterOptions = '--qos short'
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} else if (params.target_qos == 'medium') {
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params.max_time = 2.d
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process.clusterOptions = '--qos medium'
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} else {
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params.max_time = 14.d
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params.max_time = 14.d
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process.clusterOptions = '--qos long'
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params.max_cpus = 36
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}
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params.max_memory = 4.TB
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igenomesIgnore = true
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}
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