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Fix no genes found test and update test.yml
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Mahesh Binzer-Panchal
parent
8df20218bf
commit
73a8df9522
3 changed files with 198 additions and 100 deletions
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@ -15,8 +15,8 @@ process BUSCO {
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output:
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tuple val(meta), path("*-busco.batch_summary.txt"), emit: batch_summary
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||||
tuple val(meta), path("short_summary.*.txt") , emit: short_summaries_txt
|
||||
tuple val(meta), path("short_summary.*.json") , emit: short_summaries_json
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||||
tuple val(meta), path("short_summary.*.txt") , emit: short_summaries_txt, optional: true
|
||||
tuple val(meta), path("short_summary.*.json") , emit: short_summaries_json, optional: true
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||||
tuple val(meta), path("*-busco") , emit: busco_dir
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path "versions.yml" , emit: versions
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@ -73,7 +73,7 @@ process BUSCO {
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# Move files to avoid staging/publishing issues
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mv ${prefix}-busco/batch_summary.txt ${prefix}-busco.batch_summary.txt
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||||
mv ${prefix}-busco/*/short_summary.*.{json,txt} .
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||||
mv ${prefix}-busco/*/short_summary.*.{json,txt} . || echo "Short summaries were not available: No genes were found."
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cat <<-END_VERSIONS > versions.yml
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"${task.process}":
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@ -20,9 +20,12 @@ workflow test_busco_genome_single_fasta {
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)
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/* Output tree:
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/tmp/tmpimsfk4sj/busco/
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├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmp1sz7013h/b7/fdeaab567e1c5bccc475a4c19b8582/test-bacteria_odb10-busco/
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||||
│ ├── batch_summary.txt
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||||
/tmp/tmpisa3ktco/busco/
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||||
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmpm91x0mn2/8a/ff5c15baba0942cca15a8d53e98009/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmpm91x0mn2/8a/ff5c15baba0942cca15a8d53e98009/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||
├── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmpm91x0mn2/91/3abf602561d35fcd917711402977a3/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json
|
||||
├── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmpm91x0mn2/91/3abf602561d35fcd917711402977a3/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt
|
||||
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmpm91x0mn2/8a/ff5c15baba0942cca15a8d53e98009/test-bacteria_odb10-busco/
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||||
│ ├── genome.fna/
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||||
│ │ ├── logs/
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||||
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
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@ -31,19 +34,17 @@ workflow test_busco_genome_single_fasta {
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│ │ │ └── prodigal_out.log
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||||
│ │ ├── prodigal_output/
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||||
│ │ │ └── predicted_genes/
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||||
│ │ ├── run_bacteria_odb10/
|
||||
│ │ │ ├── busco_sequences/
|
||||
│ │ │ ├── full_table.tsv
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||||
│ │ │ ├── hmmer_output/
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||||
│ │ │ ├── missing_busco_list.tsv
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||||
│ │ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ │ └── short_summary.txt
|
||||
│ │ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||
│ │ └── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||
│ │ └── run_bacteria_odb10/
|
||||
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||
│ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ └── short_summary.txt
|
||||
│ └── logs/
|
||||
│ └── busco.log
|
||||
├── test-bacteroidetes_odb10-busco -> /tmp/tmp1sz7013h/75/0da56f59ee44bd2b85e0172906de49/test-bacteroidetes_odb10-busco/
|
||||
│ ├── batch_summary.txt
|
||||
├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpm91x0mn2/8a/ff5c15baba0942cca15a8d53e98009/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
├── test-bacteroidetes_odb10-busco -> /tmp/tmpm91x0mn2/91/3abf602561d35fcd917711402977a3/test-bacteroidetes_odb10-busco/
|
||||
│ ├── genome.fna/
|
||||
│ │ ├── logs/
|
||||
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||
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@ -52,18 +53,17 @@ workflow test_busco_genome_single_fasta {
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|||
│ │ │ └── prodigal_out.log
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||||
│ │ ├── prodigal_output/
|
||||
│ │ │ └── predicted_genes/
|
||||
│ │ ├── run_bacteroidetes_odb10/
|
||||
│ │ │ ├── busco_sequences/
|
||||
│ │ │ ├── full_table.tsv
|
||||
│ │ │ ├── hmmer_output/
|
||||
│ │ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||
│ │ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ │ └── short_summary.txt
|
||||
│ │ ├── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json
|
||||
│ │ └── short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt
|
||||
│ │ └── run_bacteroidetes_odb10/
|
||||
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||
│ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ └── short_summary.txt
|
||||
│ └── logs/
|
||||
│ └── busco.log
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmp1sz7013h/b7/fdeaab567e1c5bccc475a4c19b8582/versions.yml
|
||||
├── test-bacteroidetes_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpm91x0mn2/91/3abf602561d35fcd917711402977a3/test-bacteroidetes_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmpm91x0mn2/91/3abf602561d35fcd917711402977a3/versions.yml
|
||||
*/
|
||||
|
||||
}
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||||
|
|
@ -86,9 +86,12 @@ workflow test_busco_genome_multi_fasta {
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|||
)
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||||
|
||||
/* Output tree:
|
||||
/tmp/tmpt22rjxzq/busco/
|
||||
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmpfxt64xr_/36/425acbe5e9b27ba0bac8861f735494/test-bacteria_odb10-busco/
|
||||
│ ├── batch_summary.txt
|
||||
/tmp/tmpk19byek7/busco/
|
||||
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.json -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.json
|
||||
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.txt -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.txt
|
||||
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/test-bacteria_odb10-busco/
|
||||
│ ├── genome.fasta/
|
||||
│ │ ├── logs/
|
||||
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||
|
|
@ -97,15 +100,13 @@ workflow test_busco_genome_multi_fasta {
|
|||
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
||||
│ │ ├── prodigal_output/
|
||||
│ │ │ └── predicted_genes/
|
||||
│ │ ├── run_bacteria_odb10/
|
||||
│ │ │ ├── busco_sequences/
|
||||
│ │ │ ├── full_table.tsv
|
||||
│ │ │ ├── hmmer_output/
|
||||
│ │ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||
│ │ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ │ └── short_summary.txt
|
||||
│ │ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.json
|
||||
│ │ └── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.txt
|
||||
│ │ └── run_bacteria_odb10/
|
||||
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||
│ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ └── short_summary.txt
|
||||
│ ├── genome.fna/
|
||||
│ │ ├── logs/
|
||||
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||
|
|
@ -114,18 +115,17 @@ workflow test_busco_genome_multi_fasta {
|
|||
│ │ │ └── prodigal_out.log
|
||||
│ │ ├── prodigal_output/
|
||||
│ │ │ └── predicted_genes/
|
||||
│ │ ├── run_bacteria_odb10/
|
||||
│ │ │ ├── busco_sequences/
|
||||
│ │ │ ├── full_table.tsv
|
||||
│ │ │ ├── hmmer_output/
|
||||
│ │ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||
│ │ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ │ └── short_summary.txt
|
||||
│ │ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||
│ │ └── short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||
│ │ └── run_bacteria_odb10/
|
||||
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||
│ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ └── short_summary.txt
|
||||
│ └── logs/
|
||||
│ └── busco.log
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmpfxt64xr_/36/425acbe5e9b27ba0bac8861f735494/versions.yml
|
||||
├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmplt9fv3tl/15/ff310a16d9ce7ad24e207a05ce718e/versions.yml
|
||||
*/
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
|
@ -145,28 +145,28 @@ workflow test_busco_eukaryote_metaeuk {
|
|||
)
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||||
|
||||
/* Output tree:
|
||||
/tmp/tmp22sf7kg9/busco/
|
||||
├── test-eukaryota_odb10-busco -> /tmp/tmpmic8qsk6/d5/d8cb6681c0fcaa6da34b57ec174d59/test-eukaryota_odb10-busco/
|
||||
│ ├── batch_summary.txt
|
||||
/tmp/tmpeq4dsir5/busco/
|
||||
├── short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.json -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.json
|
||||
├── short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.txt -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.txt
|
||||
├── test-eukaryota_odb10-busco -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/test-eukaryota_odb10-busco/
|
||||
│ ├── genome.fasta/
|
||||
│ │ ├── logs/
|
||||
│ │ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||
│ │ │ ├── hmmsearch_out.log
|
||||
│ │ │ ├── metaeuk_err.log
|
||||
│ │ │ └── metaeuk_out.log
|
||||
│ │ ├── run_eukaryota_odb10/
|
||||
│ │ │ ├── busco_sequences/
|
||||
│ │ │ ├── full_table.tsv
|
||||
│ │ │ ├── hmmer_output/
|
||||
│ │ │ ├── metaeuk_output/
|
||||
│ │ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||
│ │ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ │ └── short_summary.txt
|
||||
│ │ ├── short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.json
|
||||
│ │ └── short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.txt
|
||||
│ │ └── run_eukaryota_odb10/
|
||||
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||
│ │ ├── metaeuk_output/
|
||||
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||
│ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ └── short_summary.txt
|
||||
│ └── logs/
|
||||
│ └── busco.log
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmpmic8qsk6/d5/d8cb6681c0fcaa6da34b57ec174d59/versions.yml
|
||||
├── test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmp60hby2pk/6f/529873d91cda6bae3a4a6a21746aee/versions.yml
|
||||
*/
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
|
@ -186,9 +186,8 @@ workflow test_busco_eukaryote_augustus {
|
|||
)
|
||||
|
||||
/* Output tree:
|
||||
/tmp/tmpo77wyvb9/busco/
|
||||
├── test-eukaryota_odb10-busco -> /tmp/tmpshljnwcg/25/9891a19cbabda15a5c10fb5e34987f/test-eukaryota_odb10-busco/
|
||||
│ ├── batch_summary.txt
|
||||
/tmp/tmp2xqaygjj/busco/
|
||||
├── test-eukaryota_odb10-busco -> /tmp/tmpjqs61x9o/3f/67cc14e873c0ceb45e2a27594d624c/test-eukaryota_odb10-busco/
|
||||
│ ├── genome.fasta/
|
||||
│ │ ├── blast_db/
|
||||
│ │ │ ├── genome.fasta.ndb
|
||||
|
|
@ -210,7 +209,8 @@ workflow test_busco_eukaryote_augustus {
|
|||
│ │ └── hmmer_output/
|
||||
│ └── logs/
|
||||
│ └── busco.log
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmpshljnwcg/25/9891a19cbabda15a5c10fb5e34987f/versions.yml
|
||||
├── test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpjqs61x9o/3f/67cc14e873c0ceb45e2a27594d624c/test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmpjqs61x9o/3f/67cc14e873c0ceb45e2a27594d624c/versions.yml
|
||||
*/
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
|
@ -230,25 +230,25 @@ workflow test_busco_protein {
|
|||
)
|
||||
|
||||
/* Output tree:
|
||||
/tmp/tmplju98s42/busco/
|
||||
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmp0oru9_61/9c/e992f5eee84806770002e4510f51cb/test-bacteria_odb10-busco/
|
||||
│ ├── batch_summary.txt
|
||||
/tmp/tmpzwd5dn56/busco/
|
||||
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.json -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.json
|
||||
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.txt -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.txt
|
||||
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/test-bacteria_odb10-busco/
|
||||
│ ├── logs/
|
||||
│ │ └── busco.log
|
||||
│ └── proteome.fasta/
|
||||
│ ├── logs/
|
||||
│ │ ├── hmmsearch_err.log
|
||||
│ │ └── hmmsearch_out.log
|
||||
│ ├── run_bacteria_odb10/
|
||||
│ │ ├── busco_sequences/
|
||||
│ │ ├── full_table.tsv
|
||||
│ │ ├── hmmer_output/
|
||||
│ │ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||
│ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ └── short_summary.txt
|
||||
│ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.json
|
||||
│ └── short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.txt
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmp0oru9_61/9c/e992f5eee84806770002e4510f51cb/versions.yml
|
||||
│ └── run_bacteria_odb10/
|
||||
│ ├── busco_sequences/
|
||||
│ ├── full_table.tsv
|
||||
│ ├── hmmer_output/
|
||||
│ ├── missing_busco_list.tsv
|
||||
│ ├── short_summary.json
|
||||
│ └── short_summary.txt
|
||||
├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmpk1nlgbf_/ae/0db07b5cd08fb23d0aba5f134ebbe2/versions.yml
|
||||
*/
|
||||
}
|
||||
workflow test_busco_transcriptome {
|
||||
|
|
@ -266,9 +266,10 @@ workflow test_busco_transcriptome {
|
|||
)
|
||||
|
||||
/* Output tree:
|
||||
/tmp/tmp5twpr8o9/busco/
|
||||
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmp_qyjiads/0d/886515d0f06686b2227517398ef8ce/test-bacteria_odb10-busco/
|
||||
│ ├── batch_summary.txt
|
||||
/tmp/tmpitjyvo9g/busco/
|
||||
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.json -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.json
|
||||
├── short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.txt -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.txt
|
||||
├── test-bacteria_odb10-busco -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/test-bacteria_odb10-busco/
|
||||
│ ├── logs/
|
||||
│ │ └── busco.log
|
||||
│ └── test1.contigs.fa/
|
||||
|
|
@ -296,8 +297,6 @@ workflow test_busco_transcriptome {
|
|||
│ │ ├── short_summary.json
|
||||
│ │ ├── short_summary.txt
|
||||
│ │ └── single_copy_proteins.faa
|
||||
│ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.json
|
||||
│ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.txt
|
||||
│ └── translated_proteins/
|
||||
│ ├── 1024388at2.faa
|
||||
│ ├── 1054741at2.faa
|
||||
|
|
@ -321,7 +320,8 @@ workflow test_busco_transcriptome {
|
|||
│ ├── 874197at2.faa
|
||||
│ ├── 932854at2.faa
|
||||
│ └── 95696at2.faa
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmp_qyjiads/0d/886515d0f06686b2227517398ef8ce/versions.yml
|
||||
├── test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
└── versions.yml -> /tmp/tmp6wqi0eyx/4f/ed0b23f0fc807bb68091298845c135/versions.yml
|
||||
*/
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -2,9 +2,39 @@
|
|||
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_genome_single_fasta -c tests/config/nextflow.config
|
||||
tags:
|
||||
- busco
|
||||
- bacteria
|
||||
- genome
|
||||
files:
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||
contains:
|
||||
- 'one_line_summary'
|
||||
- 'input_file'
|
||||
- 'mode'
|
||||
- 'dataset'
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||
contains:
|
||||
- 'BUSCO version'
|
||||
- 'The lineage dataset is'
|
||||
- 'BUSCO was run in mode'
|
||||
- 'Complete BUSCOs'
|
||||
- 'Missing BUSCOs'
|
||||
- 'Dependencies and versions'
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.json
|
||||
contains:
|
||||
- 'one_line_summary'
|
||||
- 'input_file'
|
||||
- 'mode'
|
||||
- 'dataset'
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteroidetes_odb10.genome.fna.txt
|
||||
contains:
|
||||
- 'BUSCO version'
|
||||
- 'The lineage dataset is'
|
||||
- 'BUSCO was run in mode'
|
||||
- 'Complete BUSCOs'
|
||||
- 'Missing BUSCOs'
|
||||
- 'Dependencies and versions'
|
||||
- path: output/busco/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
md5sum: e50690742e9ae6abdd2bf99334ff9e12
|
||||
- path: output/busco/test-bacteroidetes_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
md5sum: 4c1b2c4317c88398eddc30877ed740d9
|
||||
- path: output/busco/versions.yml
|
||||
md5sum: 8aa830f71587d859df35c6cfab59f35d
|
||||
|
||||
|
|
@ -12,9 +42,37 @@
|
|||
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_genome_multi_fasta -c tests/config/nextflow.config
|
||||
tags:
|
||||
- busco
|
||||
- bacteria
|
||||
- genome
|
||||
files:
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.json
|
||||
contains:
|
||||
- 'one_line_summary'
|
||||
- 'input_file'
|
||||
- 'mode'
|
||||
- 'dataset'
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fasta.txt
|
||||
contains:
|
||||
- 'BUSCO version'
|
||||
- 'The lineage dataset is'
|
||||
- 'BUSCO was run in mode'
|
||||
- 'Complete BUSCOs'
|
||||
- 'Missing BUSCOs'
|
||||
- 'Dependencies and versions'
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.json
|
||||
contains:
|
||||
- 'one_line_summary'
|
||||
- 'input_file'
|
||||
- 'mode'
|
||||
- 'dataset'
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.genome.fna.txt
|
||||
contains:
|
||||
- 'BUSCO version'
|
||||
- 'The lineage dataset is'
|
||||
- 'BUSCO was run in mode'
|
||||
- 'Complete BUSCOs'
|
||||
- 'Missing BUSCOs'
|
||||
- 'Dependencies and versions'
|
||||
- path: output/busco/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
md5sum: 5360dfe83bec1f5741ee115e53e6b517
|
||||
- path: output/busco/versions.yml
|
||||
md5sum: 9a959eb0a1f765777dff1ea2f5c139c0
|
||||
|
||||
|
|
@ -22,10 +80,23 @@
|
|||
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_eukaryote_metaeuk -c tests/config/nextflow.config
|
||||
tags:
|
||||
- busco
|
||||
- eukaryote
|
||||
- genome
|
||||
- metaeuk
|
||||
files:
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.json
|
||||
contains:
|
||||
- 'one_line_summary'
|
||||
- 'input_file'
|
||||
- 'mode'
|
||||
- 'dataset'
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.eukaryota_odb10.genome.fasta.txt
|
||||
contains:
|
||||
- 'BUSCO version'
|
||||
- 'The lineage dataset is'
|
||||
- 'BUSCO was run in mode'
|
||||
- 'Complete BUSCOs'
|
||||
- 'Missing BUSCOs'
|
||||
- 'Dependencies and versions'
|
||||
- path: output/busco/test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
md5sum: a70806f99ba5706d7353d3353b3f1d2b
|
||||
- path: output/busco/versions.yml
|
||||
md5sum: 34a808c257e6db1b0456f3b4372bc477
|
||||
|
||||
|
|
@ -33,10 +104,9 @@
|
|||
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_eukaryote_augustus -c tests/config/nextflow.config
|
||||
tags:
|
||||
- busco
|
||||
- eukaryote
|
||||
- genome
|
||||
- augustus
|
||||
files:
|
||||
- path: output/busco/test-eukaryota_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
md5sum: 660393dd43cd6a093b952d4b8ad41e40
|
||||
- path: output/busco/versions.yml
|
||||
md5sum: 2caac915461410b16a1524ac064cd0df
|
||||
|
||||
|
|
@ -44,9 +114,23 @@
|
|||
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_protein -c tests/config/nextflow.config
|
||||
tags:
|
||||
- busco
|
||||
- bacteria
|
||||
- proteins
|
||||
files:
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.json
|
||||
contains:
|
||||
- 'one_line_summary'
|
||||
- 'input_file'
|
||||
- 'mode'
|
||||
- 'dataset'
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.proteome.fasta.txt
|
||||
contains:
|
||||
- 'BUSCO version'
|
||||
- 'The lineage dataset is'
|
||||
- 'BUSCO was run in mode'
|
||||
- 'Complete BUSCOs'
|
||||
- 'Missing BUSCOs'
|
||||
- 'Dependencies and versions'
|
||||
- path: output/busco/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
md5sum: fd3b4e30ce74d1fcb95d6286d6e2049f
|
||||
- path: output/busco/versions.yml
|
||||
md5sum: d7392261a57960a7e6aea609dce824f5
|
||||
|
||||
|
|
@ -54,8 +138,22 @@
|
|||
command: nextflow run tests/modules/busco -entry test_busco_transcriptome -c tests/config/nextflow.config
|
||||
tags:
|
||||
- busco
|
||||
- bacteria
|
||||
- transcriptome
|
||||
files:
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.json
|
||||
contains:
|
||||
- 'one_line_summary'
|
||||
- 'input_file'
|
||||
- 'mode'
|
||||
- 'dataset'
|
||||
- path: output/busco/short_summary.specific.bacteria_odb10.test1.contigs.fa.txt
|
||||
contains:
|
||||
- 'BUSCO version'
|
||||
- 'The lineage dataset is'
|
||||
- 'BUSCO was run in mode'
|
||||
- 'Complete BUSCOs'
|
||||
- 'Missing BUSCOs'
|
||||
- 'Dependencies and versions'
|
||||
- path: output/busco/test-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt
|
||||
md5sum: 9a176cafe66ac0adca89dc34ad2be13f
|
||||
- path: output/busco/versions.yml
|
||||
md5sum: 30eacbc7df70f6b1e72e0a7b6d02a7e1
|
||||
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