Basic cleanup

fastq-to-taxonomy.sh

@@ -1,5 +1,5 @@
 #!/bin/bash
-#SBATCH --account=cowusda2016
+#SBATCH --account=ACCOUNT
 #SBATCH --nodes=1
 #SBATCH --ntasks-per-node=4
 #SBATCH --cpus-per-task=4
@@ -14,7 +14,7 @@ R1filename=${1%}
 R2filename="${R1filename/R1/R2}"
 Samplename="${R1filename/_R1_001.fastq.gz/}"
 Samplename="${Samplename/\.\//}"
-	
+
 # Extract rRNA to files
 metaxa2 -1 "$R1filename" -2 "$R2filename" -o "$Samplename" -f q -cpu 4 \
  --summary F --graphical F --fasta F --taxonomy T

main.sh

@@ -1,5 +1,5 @@
 #!/bin/bash
-#SBATCH --account=cowusda2016
+#SBATCH --account=ACCOUNT
 #SBATCH --cpus-per-task=4
 #SBATCH --mem=8G
 #SBATCH --ntasks=32

manipulatefeaturetable.R

@@ -1,10 +1,10 @@
 # Read the inital feature table in
 feature_table <- read.table("metaxa-feature-table.tsv",
-							              header=TRUE,
+                            header=TRUE,
                             sep="\t",
                             quote="",
                             strip.white=TRUE,
-							              check.names=FALSE)
+                            check.names=FALSE)
 
 # Get the dimensions of the table
 numSamples <- ncol(feature_table) - 1

sample-classifier.sh

@@ -1,5 +1,5 @@
 #!/bin/bash
-#SBATCH --account=cowusda2016
+#SBATCH --account=ACCOUNT
 #SBATCH --ntasks=1
 #SBATCH --cpus-per-task=4
 #SBATCH --mem=8G

sample-regression.sh

@@ -1,5 +1,5 @@
 #!/bin/bash
-#SBATCH --account=cowusda2016
+#SBATCH --account=ACCOUNT
 #SBATCH --ntasks=1
 #SBATCH --cpus-per-task=4
 #SBATCH --mem=8G